Etiyopya'da SARS-CoV-2'yi tanımlamak için dört nükleik asit amplifikasyon testinin performansı

Nature.com'u ziyaret ettiğiniz için teşekkür ederiz. Sınırlı CSS desteğine sahip bir tarayıcı sürümü kullanıyorsunuz. En iyi deneyim için güncel bir tarayıcı kullanmanızı (veya Internet Explorer'da Uyumluluk Modunu devre dışı bırakmanızı) öneririz. Ayrıca, sürekli destek sağlamak için siteyi stiller ve JavaScript olmadan gösteriyoruz.
Aynı anda üç slayttan oluşan bir dönen görüntü görüntüler. Üç slayt arasında tek tek ilerlemek için Önceki ve Sonraki düğmelerini, üç slayt arasında tek tek ilerlemek içinse sondaki kaydırma düğmelerini kullanın.
2019 koronavirüs hastalığı (COVID-19) salgınından bu yana, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirildi ve standart testler haline geldi. Birkaç test hızla geliştirilip laboratuvar tanı testlerine uygulanmış olsa da, bu testlerin performansı çeşitli ortamlarda değerlendirilmemiştir. Bu nedenle, bu çalışma Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI ve Sansure Biotech testlerinin performansını Kompozit Referans Standardı (CRS) kullanarak değerlendirmeyi amaçlamıştır. Çalışma, 1-30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) yürütülmüştür. 164 nazofaringeal örnek QIAamp RNA mini kiti ve Abbott DNA örnek hazırlama sistemi kullanılarak çıkarıldı. 164 örnekten %59,1'i CRS açısından pozitif, %40,9'u ise negatifti. Sansure Biotech pozitifliği CRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0,05). Sansure Biotech pozitifliği CRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0,05). Sansure Biotech, CRS ile uyumlu değildir (p < 0,05). Sansure Biotech'in pozitif sonuçları CRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0,05).CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 Sansure Biotech, CRS'nin en iyi şekilde kullanılmasını sağladı (p < 0,05). Sansure Biotech'in CRS'ye kıyasla önemli ölçüde daha az pozitif sonucu vardı (p < 0,05).Dört analizin genel uyumu, CRS ile karşılaştırıldığında %96,3-100'dür. Sansure Biotech testinin düşük pozitiflik oranına ek olarak, dört testin performansı da neredeyse benzerdir. Bu nedenle, Sansure Biotech [Sadece Araştırma (RUO)] testinin Etiyopya'da kullanımı için ek doğrulama gerekmektedir. Son olarak, uygun üretici iddialarına sahip testleri değerlendirmek için ek araştırmalar dikkate alınmalıdır.
Laboratuvar testleri, Dünya Sağlık Örgütü'nün (WHO) Koronavirüs Hastalığı 2019 (COVID-19) Hazırlık ve Müdahale Stratejik Planı'nın (SPRP) bir parçasıdır. DSÖ, ülkelerin hazırlık, uygun vaka yönetimi, teyakkuz ve halk sağlığı sorunlarına hızlı müdahaleyi iyileştirmek için laboratuvar kapasitesini artırmaları gerektiğini belirtmektedir. Bu, laboratuvarın hastalığın ve ortaya çıkan bulaşıcı ajanların epidemiyolojisinin tanımlanmasında ve yayılmalarının kontrol altına alınmasında kilit rol oynadığını göstermektedir.
COVID-19 tanısı epidemiyolojik ve tıbbi bilgiler, kişisel semptom/bulgular ve radyografik ve laboratuvar verileri gerektirir2. COVID-19 salgınının Çin'in Wuhan kentinde bildirilmesinden bu yana, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirilmiştir. Gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR), şiddetli akut solunum yolu sendromu 2 (SARS-CoV-2)3 enfeksiyonunun laboratuvar tanısı için rutin ve standart bir yöntem olarak kullanılmıştır. SARS-CoV-2'nin moleküler tespiti tipik olarak viral genomdan tanımlanan ORF1a/b (açık okuma çerçevesi 1a/b) bölgesindeki N (nükleokapsid protein geni), E (zarf protein geni) ve RdRp (RNA'ya bağımlı RNA polimeraz geni) genlerine dayanır. Bunlar, virüs tanınması için viral genomlarda bulunan ana korunmuş bölgeler olarak kabul edilir4. Bu genler arasında RdRp ve E genleri yüksek analitik tespit hassasiyetine sahipken, N geni düşük analitik hassasiyete sahiptir5.
PCR analizlerinin performansı, ekstraksiyon reaktifleri, amplifikasyon/tespit reaktifleri, ekstraksiyon yöntemi, PCR cihazının ve diğer cihazların kalitesi gibi çeşitli faktörlere bağlı olarak değişebilir. Nisan 2020 itibarıyla dokuz ülkeden 48'den fazla farklı tanı cihazı COVID-196 tanısı için Acil Kullanım Onayı (EUA) almıştır. Etiyopya'da, ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ve Quant-studio7 dahil olmak üzere 26 kamu sağlık kuruluşunda SARS-CoV-2'nin PCR tespiti için 14'ten fazla gerçek zamanlı PCR platformu kullanılmaktadır. Ayrıca, Daan Gene testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi gibi çeşitli PCR test kitleri mevcuttur. rRT-PCR oldukça hassas olmasına rağmen, COVID-19'lu bazı hastalar, uygunsuz toplama, taşıma, depolama ve elleçleme ve laboratuvar testleri nedeniyle örneklerde viral ribonükleik asit (RNA) kopyalarının yetersiz olması nedeniyle yanlış negatif sonuçlar bildirmektedir. koşullar ve personel eylemleri8. Ayrıca, numune veya kontrolün yanlış kullanılması, döngü eşiği (Ct) ayarı ve diğer patojenik nükleik asitler veya inaktif/kalıntı SARS-CoV-2 RNA ile çapraz reaktivite, rRT-PCR9 testlerinde yanlış pozitif sonuçlara yol açabilir. Bu nedenle, PCR testlerinin gen parçalarının taşıyıcılarını gerçekten de belirleyebildiği açıktır, çünkü gerçekten aktif viral genler arasında ayrım bile yapamazlar, bu nedenle testler yalnızca taşıyıcıları belirleyebilir ve hastaları belirleyemez10. Bu nedenle, ortamımızda standart yöntemler kullanarak tanı performansını değerlendirmek önemlidir. Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) ve ülke genelinde birçok NAAT reaktifi bulunmasına rağmen, bunların etkililiğine ilişkin karşılaştırmalı bir değerlendirme henüz bildirilmemiştir. Bu nedenle, bu çalışmada klinik örnekler kullanılarak rRT-PCR ile SARS-CoV-2'nin tespiti için ticari olarak temin edilebilen kitlerin karşılaştırmalı performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Bu çalışmaya COVID-19 şüphesi olan toplam 164 katılımcı dahil edildi. Örneklerin çoğunluğu tedavi merkezlerinden (118/164 = %72) gelirken, kalan 46 (%28) katılımcı tedavi merkezleri dışındandı. Merkezde tedavi görmeyen katılımcılar arasında 15 (%9,1) kişide klinik olarak şüpheli vakalar ve 31 (%18,9) kişinin doğrulanmış vakalarla temasları vardı. Katılımcıların 93'ü (%56,7) erkekti ve katılımcıların ortalama (± SS) yaşı 31,10 (± 11,82) yıldı.
Bu çalışmada, COVID-19 için dört testin pozitif ve negatif oranları belirlendi. Böylece, Abbott SARS-CoV-2 testi, Daan Gene 2019-nCoV testi, SARS-CoV-2 BGI testi ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin pozitif oranları sırasıyla %59,1, %58,5, %57,9 ve %55,5 olarak bulundu. Pozitif ve negatif bileşik referans standardı (CRS) puanları sırasıyla 97 (%59,1) ve 67 (%40,9) olarak bulundu (Tablo 1). Bu çalışmada, CRS tanımı, dört test sonucundan, aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucunun gerçek pozitif veya negatif olarak kabul edildiği "herhangi bir pozitif" kuralına dayanıyordu.
Bu çalışmada, CRS ile karşılaştırıldığında tüm analizler için %100'lük (95% CI 94,6-100) negatif yüzdelik uyum (NPA) bulduk. Sansure Biotechnology analizi, %93,8'lik (95% CI 87,2-97,1) minimum PPA gösterirken, Daan Gene 2019-nCoV analizi genel olarak %99,4'lük (95% CI 96,6-99,9) bir uyuma sahipti. Buna karşılık, SARS-CoV-2 BGI testi ile Sansure Biotech 2019-nCoV testi arasındaki genel uyum sırasıyla %98,8 ve %96,3 idi (Tablo 2).
CRS ve Abbott SARS-CoV-2 test sonuçları arasındaki Cohen kappa uyum katsayısı tamamen tutarlıydı (Km = 1,00). Benzer şekilde, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ve Sansure Biotech 2019-nCoV tarafından tespit edilen Cohen kappa değerleri de CRS ile tamamen tutarlıydı (Km ≥ 0,925). Bu karşılaştırmalı analizde, ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech 2019-nCoV test sonuçlarının CRS sonuçlarından anlamlı derecede farklı olduğunu gösterdi (p = 0,031) (Tablo 2).
Şekilde görüldüğü gibi1 Abbott SARS-CoV-2 testinin (birleşik RdRp ve N geni) en düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesi %87,6 iken, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b gen Ct değeri düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesinin %50,3, yüksek Ct değerinin (36-40 Ct) ise %3,2 olduğunu gösterdi. 1 Abbott SARS-CoV-2 testinin (birleşik RdRp ve N geni) en düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesi %87,6 iken, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b gen Ct değeri düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesinin %50,3, yüksek Ct değerinin (36-40 Ct) ise %3,2 olduğunu gösterdi.Şekilde görüldüğü gibi1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp ve N) %87,6 oranında, а Sansure Biotech 2019-nCoV'un Ct'si ORF1a/b'yi analiz ederek Ct'yi (< 20 Ct) %50,3 oranında korudu, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2'nin (birleşik gen RdRp ve N) en düşük Ct değeri (< 20 Ct) analizinin yüzdesi %87,6'ydı ve Sansure Biotech 2019-nCoV'nin ORF1a/b gen analizinin Ct değeri, düşük Ct değeri (< 20 Ct) yüzdesinin %50,3'ünü ve yüksek değer Ct'nin (36-40 Ct) %3,2'sini oluşturduğunu gösterdi.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为%87,6，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) Bu oran %3,2'dir. Şekil 1'de görüldüğü gibi Abbott SARS-CoV-2 testinin (RdRp ve N geni kombinasyonu) en düşük Ct değeri yüzdesi (< 20 Ct) %87,6'dır, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geni Ct değeri düşük Ct(< 20 Ct) yüzdesi %50,3'tür, düşük Ct(< 20 Ct) yüzdesi ise %3,2'dir. 1. virüse rağmen, Abbott SARS-CoV-2 (birleşik RdRp ve N'nin ortak ürünü) veya daha yeni bir virüsle karşı karşıya kalınıyor. Ct (< 20 Ct) %87,6 oranında, Sansure Biotech 2019'da Ct гена ORF1a/b ile birlikte nCoV'nin analizi Ct. Şekil 1'de görüldüğü gibi, Abbott SARS-CoV-2 testi (RdRp ve N genlerini birleştiren) %87,6 ile en düşük yüzdelik Ct değerine (< 20 Ct) sahipken, Sansure Biotech 2019 çalışmasındaki ORF1a/b geninin Ct değeri – nCoV analizi düşük bir Ct gösterdi. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Değerlerin (< 20 Ct) yüzdesi %50,3, yüksek Ct değerlerinin (36–40 Ct) yüzdesi ise %3,2 olarak bulundu.Abbott SARS-CoV-2 B testinde Ct değerlerinin 30'un üzerinde olduğu kaydedildi. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 analizinde ORF1a/b geninin yüksek bir Ct değerine (> 36 Ct) sahip olduğu, yüzdesinin ise %4 olduğu görüldü (Şekil 1). Öte yandan BGI SARS-CoV-2 analizinde ORF1a/b geninin yüksek bir Ct değerine (> 36 Ct) sahip olduğu, yüzdesinin ise %4 olduğu görüldü (Şekil 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b ve высокое значение Ct (> 36 Ct), которого составлял 4%'e uygundur (рис.1). Öte yandan BGI SARS-CoV-2 geninin analizinde ORF1a/b geninin yüksek Ct değerine (>36 Ct) sahip olduğu, bunun da yüzdesinin %4 olduğu görüldü (Şekil 1).BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b ve Ct 值（> 36 Ct）的百 ve %4 (图1) olarak belirlendi. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 tespitinde yüksek Ct değerine (>36 Ct) sahip ORF1a/b geninin oranı %4'tür (Şekil 1). Bu virüs, BGI SARS-CoV-2'nin ORF1a/b genlerini yaydığı ve Ct (>36 Ct)'nin %4'ünü (ürün 1) oluşturduğunu gösteriyor. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 analizinde yüksek Ct değerine (>36 Ct) sahip ORF1a/b genlerinin oranı %4 olarak bulundu (Şekil 1).
Bu çalışmada 164 nazofaringeal örnek alındı. Tüm analiz tipleri için RNA izolasyonu ve amplifikasyonu, ilgili üreticilerin önerdiği yöntem ve kitler kullanılarak gerçekleştirildi.
Bu çalışma, Abbott'un SARS-CoV-2 testinin CRS ile aynı tespit performansına sahip olduğunu, %100 pozitif, negatif ve genel uyum gösterdiğini göstermiştir. Cohen'in kappa uyumu 1,00'dır ve bu CRS ile tam uyumu gösterir. ABD'deki Washington Üniversitesi tarafından yapılan benzer bir çalışma, Abbott testinin SARS-CoV-2 için genel duyarlılığının ve özgüllüğünün, CDC'nin laboratuvarda belirlenen testiyle (LDA) karşılaştırıldığında sırasıyla %93 ve %100 olduğunu bulmuştur. 11. Abbott SARS-CoV-2 tespit sistemi, her iki genin de daha hassas olması ve yanlış negatifleri en aza indirmesi nedeniyle N ve RdRp genlerinin eş zamanlı kombine tespitine dayanmaktadır12. Avusturya, Viyana'da yapılan bir çalışma da büyük ekstraksiyon örneği hacimlerinin ve tespit eluant hacimlerinin seyreltme etkilerini en aza indirdiğini ve tespit verimliliğini artırdığını göstermiştir13. Bu nedenle, Abbott'un SARS-CoV-2 testi için mükemmel eşleşmesi, aynı anda kombinatoryal genleri tespit eden, çok sayıda numune (0,5 ml) çıkaran ve büyük miktarda eluant (40 µl) kullanan bir platform tespit sistemiyle ilişkilendirilebilir.
Sonuçlarımız ayrıca, Daan genetik testinin tespit performansının CRS ile neredeyse aynı olduğunu göstermiştir. Bu, Çin'in Huainan kentindeki Anhui Üniversitesi'nde yürütülen bir çalışma14 ve üreticinin %100 pozitif uyum iddiasıyla tutarlıdır. Tutarlı sonuçlar bildirilmesine rağmen, bir örnek aynı elüat tekrar test edildikten sonra yanlış negatif sonuç vermiş, ancak Abbott SARS-CoV-2 ve Sansure Biotech nCoV-2019 testlerinde pozitif çıkmıştır. Bu durum, farklı test türleri arasında sonuçlarda değişkenlik olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, Çin'de yapılan çalışmada15, Daan Gen testinin sonucu, laboratuvar tarafından tanımlanan referans testine kıyasla anlamlı derecede farklıydı (p < 0,05). Bununla birlikte, Çin'de yapılan çalışmada15, Daan Gen testinin sonucu, laboratuvar tarafından tanımlanan referans testine kıyasla anlamlı derecede farklıydı (p < 0,05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Kитае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Ancak Çin'de yapılan bir çalışmada15 Daan Gene'nin analiz sonucu laboratuvar referans analizlerinden anlamlı derecede farklıydı (p < 0,05).然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Kитае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Ancak Çin'de yapılan bir çalışmada15 Daan'ın genetik testinin sonuçları referans laboratuvar testine göre anlamlı derecede farklıydı (p < 0,05).Bu tutarsızlık, referans testinin SARS-CoV-2'yi tespit etmedeki duyarlılığından kaynaklanıyor olabilir ve nedenini belirlemek için daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulabilir.
Ek olarak, çalışmamız SARS-CoV-2 BGI testinin CRS ile karşılaştırmalı performansını değerlendirdi ve mükemmel pozitif yüzde uyumu (PPA = %97,9), negatif yüzde uyumu (NPA = %100) ve cinsiyete göre genel yüzde uyumu (OPA) gösterdi. ). = %98,8. Cohen'in Kappa değerleri iyi uyum gösterdi (K = 0,975). Hollanda16 ve Çin'deki çalışmalar15 tutarlı sonuçlar gösterdi. SARS-CoV-2 BGI testi, 10 µl amplifikasyon/tespit eluatı kullanan tek gen (ORF1a/b) tespit testidir. Referans sonuçlarımızla iyi istatistiksel uyuma rağmen, analiz toplam örneğin iki pozitif örneğini (%1,22) kaçırdı. Bu durum hem hasta hem de toplum düzeylerinde bulaşma dinamikleri için büyük klinik sonuçlar doğurabilir.
Bu çalışmaya dahil edilen bir diğer karşılaştırmalı analiz ise Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) testiydi; genel uyum yüzdesi %96,3 idi. Uyum gücü, CRS ile tam uyumu gösteren 0,925 olan Cohen'in Kappa değeriyle de belirlendi. Sonuçlarımız, Çin'in Changsha kentindeki Central South Üniversitesi ve Çin'in Liuzhou Şehri'ndeki Liuzhou Halk Hastanesi Klinik Laboratuvar Bölümü'nde yürütülen çalışmalarla da aynıdır17. Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olmasına rağmen, ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu göstermiştir (p < 0,005). Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olmasına rağmen, ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu göstermiştir (p < 0,005). Şuna da bakın: bu sizin için çok önemli bir şey değil, kriteriy хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olmasına rağmen, ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu gösterdi (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性,但卡方检验（MacNemar, Sansure Biotech, CRS相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biyoteknoloji 检测 结果crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ve CRS. Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel uyuma rağmen, ki-kare testi (McNemar testi) Sansure Biotech testi ile CRS arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark (p < 0,005) gösterdi.Altı örneğin (%3,66) CRS'ye kıyasla yanlış negatif olduğu tespit edildi (Ek Tablo 1); bu, özellikle virüsün bulaşma dinamikleri göz önüne alındığında çok önemlidir. Yukarıdaki veriler de bu düşük tespit oranını desteklemektedir15.
Bu çalışmada, her bir test ve ilgili platform için Ct değerleri belirlenmiş ve en düşük ortalama Ct değeri Abbott SARS-CoV-2 testinde bildirilmiştir. Bu sonuç, Abbott'un SARS-CoV-2 tespiti için eş zamanlı kombine genetik test sistemiyle ilişkili olabilir. Dolayısıyla, Şekil 1'e göre, Abbott SARS-CoV-2 sonuçlarının %87,6'sının Ct değerleri 20'nin altındaydı. Sadece az sayıda örnek sonucu (%12,4) 20-30 aralığındaydı. 30'un üzerinde Ct değerleri kaydedilmedi. Abbott'un SARS-CoV-2 panel genetik test formatını kullanmasına ek olarak, bu sonuç şirketin 100 RNA kopyası/mL'lik alt sınırından üç kat daha düşük olan alt tespit sınırıyla (32,5 RNA kopyası/mL)18 ilişkili olabilir.19
Bu çalışmanın bazı sınırlamaları bulunmaktadır: Birincisi, kaynak yetersizliği nedeniyle standart/referans yöntemlerimiz [viral yük veya diğer laboratuvar testleri (LDA) gibi] bulunmamaktadır. İkincisi, bu çalışmada kullanılan tüm örnekler nazofaringeal sürüntü örnekleriydi ve sonuçlar diğer örnek türleri için geçerli değildi. Üçüncüsü, örneklem büyüklüğümüz küçüktü.
Bu çalışmada, nazofaringeal örnekler kullanılarak SARS-CoV-2 için dört rRT-PCR testinin performansı karşılaştırılmıştır. Sansure Biotech testi hariç, tüm tespit testleri neredeyse benzer performans göstermiştir. Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye göre düşük pozitiflik oranı tespit edildi (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye göre düşük pozitiflik oranı tespit edildi (p < 0,05). Bu nedenle, Sansure Biotech'in CRS ile en iyi performansı gösterdiğini görüyoruz (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testi CRS'ye kıyasla düşük oranda pozitif sonuç gösterdi (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Bu, Sansure Biotech'in CRS ile uyumlu bir şekilde en iyi şekilde çalışabildiği anlamına geliyor (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testinin pozitiflik oranı CRS'ye göre daha düşüktü (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA ve genel uyum analizi, Cohen Kappa uyum gücü değeri 0,925 ile %93,5'i aştı. Son olarak, Sansure Biotech Testi'nin (RUO) Etiyopya'da kullanımı için daha fazla doğrulamaya ihtiyacı vardır ve bireysel üreticilerin iddialarını değerlendirmek için ek araştırmalar yapılmalıdır.
Karşılaştırmalı çalışma tasarımı Addis Ababa'daki dört sağlık tesisinde, Eka Kotebe Hastanesi, Millennium Kilisesi Tedavi Merkezi, Zewooditu Anıt Hastanesi ve St. Peter's Verem Uzman Hastanesi'nde yürütülmüştür. Veriler 1-31 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında toplanmıştır. Bu çalışma için tıbbi tesisler, vaka sayılarının yüksek olması ve şehirde büyük tedavi merkezlerinin bulunması nedeniyle bilerek seçilmiştir. Benzer şekilde, ABI 7500 ve Abbott m2000 gerçek zamanlı PCR cihazları da dahil olmak üzere cihazlar, NAAT reaktif üreticilerinin önerilerine göre seçilmiştir ve Etiyopya'daki laboratuvarların çoğu en az dördünü kullandığı için bu çalışma için dört PCR tespit kiti seçilmiştir. Çalışma sırasında gerçekleştirilen gen testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi).
SARS-CoV-2 testleri, COVID-19 araştırması altında olan ve EPHI'ye sevk edilen bireylerden 3 ml Viral Taşıma Ortamı (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çin) kullanılarak 1-30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında gerçekleştirildi. Nazofaringeal örnekler, eğitimli örnek toplayıcılar tarafından toplandı ve üçlü paketler halinde EPHI'ye gönderildi. Nükleik asit izolasyonundan önce, her örneğe benzersiz bir tanımlama numarası atandı. Her örnekten, varışta hemen manuel ve otomatik ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak ekstraksiyon gerçekleştirildi. Dolayısıyla, Abbott m2000'in otomatik ekstraksiyonu için her örnekten 1,3 ml (0,8 ml ölü hacim ve 0,5 ml ekstraksiyon giriş hacmi dahil) örnek ekstrakte edildi ve Abbott DNA Örnek Hazırlama Sistemi'nden (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ABD) geçirildi. ) 96'lık bir parti [92 örnek, iki tespit kontrolü ve iki şablon dışı kontrol (NTC)] gerçek zamanlı SARS-CoV-2 (EUA) madenciliğinin iki turunun genel sürecine (geri alma ve tespit) dahil edildi. Benzer şekilde, manuel ekstraksiyon için aynı örnekleri kullanın (otomatik ekstraksiyon ve keşif için). Bu nedenle, süreç boyunca 140 µl örnekler alikotlandı ve QIAamp Viral RNA Mini Kiti (QIAGEN GmbH, Hilden, Almanya) kullanılarak dokuz tur boyunca 24'lük partiler halinde (20 örnek, iki test kontrolü ve iki NTC dahil) çıkarıldı. Manuel olarak çıkarılan elüatlar, SARS-CoV-2 BGI testi, Daan Gene testi ve Sansure Biotech testi kullanılarak bir ABI 7500 termal döngü cihazı kullanılarak çoğaltıldı ve tespit edildi.
SARS-CoV-2 viral RNA'sının otomatik izolasyonu ve saflaştırılması, Abbott DNA örnek hazırlama reaktifleri kullanılarak manyetik boncuk prensibini izler. Örneklerin inaktivasyonu ve viral partiküllerin çözündürülmesi, proteini denatüre etmek ve RNaz'ı inaktive etmek için guanidin izotiyosiyanat içeren bir deterjan kullanılarak gerçekleştirilir. RNA daha sonra silika, yani guanidinyum tuzu kullanılarak katı faz ayrımı ile proteinden ayrılır ve lizis tamponunun alkali pH'ı, nükleik asitlerin silikaya (SiO2) bağlanmasını destekler. Durulama adımı, kalan proteinleri ve kalıntıları temizleyerek berrak bir çözelti oluşturur. Şeffaf RNA, cihazın manyetik alanı20,21 kullanılarak silika bazlı mikropartiküllerden izole edilir. Diğer yandan, RNA'nın manuel izolasyonu ve saflaştırılması, manyetik stand yerine santrifüjleme ve mikropartiküllerin eluanttan ayrılması kullanılarak spin kolon yöntemi ile gerçekleştirilir.
Abbott Gerçek Zamanlı SARS-CoV-2 Tespit Testi (Abbott Molecular, Inc.), WHO ve FDA'dan EUA19,22 alan üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi. Bu protokolde, ekstraksiyondan önce numune inaktivasyonu 56 °C'de bir su banyosunda 30 dakika boyunca gerçekleştirildi. Virüs inaktivasyonundan sonra, nükleik asit ekstraksiyonu, üreticiye göre bir Abbott m2000 DNA numune hazırlama sistemi kullanılarak 0,5 ml VTM'den bir Abbott m2000 SP cihazında gerçekleştirildi. Amplifikasyon ve tespit, bir Abbott m2000 RT-PCR cihazı kullanılarak gerçekleştirildi ve RdRp ve N genleri için çift tespit gerçekleştirildi. Dahili kontrollerin hedeflenmesi ve tespiti için ROX) ve VIC P (tescilli boya) kullanılarak her iki amplifikasyon ürününün eş zamanlı olarak tespit edilmesi sağlandı 19 .
Bu kitin amplifikasyon tespit yöntemi, tek adımlı RT-PCR teknolojisine dayanmaktadır. ORF1a/b ve N genleri, hedef bölge amplifikasyonunu tespit etmek için Daan Gen Teknolojisi ile korunan bölgeler olarak seçilmiştir. Örneklerde SARS-CoV-2 RNA'sını tespit etmek için spesifik primerler ve floresan problar (FAM ile işaretlenmiş N geni probları, VIC ile işaretlenmiş ORF1a/b probları) tasarlanmıştır. Son elüent ve ana karışımlar, 20 µl ana karışıma 5 µl elüent eklenerek 25 µl'lik son hacme ulaşılacak şekilde hazırlanmıştır. Amplifikasyon ve tespit işlemleri, ABI 750024 gerçek zamanlı PCR cihazında eş zamanlı olarak gerçekleştirilmiştir.
ORF1a/b ve N genleri, Sansure Biotech nCoV-2019 Nükleik Asit Tanı Kiti (floresan PCR tespiti) kullanılarak tespit edildi. ORF1a/b bölgesi için FAM kanalını ve N geni için ROX kanalını seçerek her hedef gen için özel problar hazırlayın. Bu test kitine, eluent ve ana karışım reaktifleri aşağıdaki gibi eklenir: Tespit/amplifikasyon için 30 µl ana karışım reaktifi ve 20 µl elüe edilmiş numune hazırlayın. Amplifikasyon/tespit için gerçek zamanlı PCR ABI 750025 kullanıldı.
SARS-CoV-2 BGI testi, COVID-19 tanısı için floresanlı gerçek zamanlı bir rRT-PCR kitidir. Hedef bölge, tek gen tespit yöntemi olan SARS-CoV-2 genomunun ORF1a/b bölgesinde bulunur. Ayrıca, insan temizlik geni β-aktin, dahili olarak düzenlenen bir hedef gendir. Ana karışım, 20 µl ana karışım reaktifi ve 10 µl ekstrakte edilmiş RNA örneğinin bir kuyucuklu plakada26 karıştırılmasıyla hazırlanır. Amplifikasyon ve tespit için bir ABI 7500 floresanlı kantitatif gerçek zamanlı PCR cihazı kullanılmıştır. Tüm nükleik asit amplifikasyonu, her bir test için PCR çalışma koşulları ve sonuçların yorumlanması ilgili üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirilmiştir (Tablo 3).
Bu karşılaştırmalı analizde, dört analiz için yüzde uyumu (pozitif, negatif ve genel) ve diğer karşılaştırma parametrelerini belirlemek için referans standart yöntemini kullanmadık. Her test karşılaştırması CRS ile yapıldı, bu çalışmada CRS "herhangi bir pozitif" kuralına göre belirlendi ve sonuç tek bir testle değil, en az iki eşleşen test sonucuyla belirlendi. Ayrıca, COVID-19 bulaşması durumunda, yanlış negatif sonuçlar yanlış pozitif sonuçlardan daha tehlikelidir. Bu nedenle, bir CRS sonucundan mümkün olduğunca doğru bir şekilde "pozitif" demek için, en az iki test testinin pozitif olması gerekir, yani en az bir pozitif sonucun bir EUA testinden gelme olasılığı yüksektir. Bu nedenle, dört test sonucundan, aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu gerçek pozitif veya negatif olarak kabul edilir18,27.
Veriler yapılandırılmış veri çıkarma formları kullanılarak toplanmış, veri girişi ve analizi Excel istatistik yazılımı ve tanımlayıcı istatistikler için SPSS sürüm 23.0 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Pozitif, negatif ve genel yüzdelik uyum analiz edilmiş ve her yöntemin CRS ile uyum derecesini belirlemek için bir Kappa puanı kullanılmıştır. Kappa değerleri şu şekilde yorumlanmıştır: Hafif uyum için 0,01-0,20, genel uyum için 0,21-0,40, orta uyum için 0,41-0,60, büyük uyum için 0,61-0,80 ve tam uyum için 0,81-0,9928.
Etik izin Addis Ababa Üniversitesi'nden alınmış ve bu çalışma için tüm deneysel protokoller Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü Bilimsel Etik İnceleme Kurulu tarafından onaylanmıştır. EPHI Etik Lisansı referans numarası EPHI/IRB-279-2020'dir. Tüm yöntemler, Etiyopya COVID-19 Tedavisi için Ulusal Kapsamlı Kılavuz'un önerileri ve hükümleri doğrultusunda uygulanmıştır. Ayrıca, çalışmaya katılmadan önce tüm çalışma katılımcılarından yazılı onam alınmıştır.
Bu çalışmada elde edilen veya analiz edilen tüm veriler bu yayınlanmış makalede yer almaktadır. Bu çalışmanın sonuçlarını destekleyen veriler, makul bir talep üzerine ilgili yazardan temin edilebilir.
Dünya Sağlık Örgütü. COVID-19 için Laboratuvar Test Stratejilerine İlişkin Öneriler: Geçici Kılavuz, 21 Mart 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 Akıllı Tanısı: Uygulamada Her Şey Dahil. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 Akıllı Tanısı: Uygulamada Her Şey Dahil.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ve Gurgulianis, KI Acil serviste COVID-19'un akıllı tanısı: pratikte her şey.Muliou DS, Pantazopoulos I. ve Gurgulyanis KI Acil servislerde COVID-19'un akıllı tanısı: uygulamada uçtan uca entegrasyon. Uzman Rahip Respire. tıp. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL ve St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi. Mitchell, SL ve St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell, SL ve St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell SL ve St. George K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
DSÖ. Şüpheli insan hastalığında 2019 koronavirüs hastalığının (COVID-19) laboratuvar tespiti. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (erişim tarihi: 15 Ağustos 2020) (DSÖ, 2020).
Udugama, B. ve diğerleri. COVID-19 Tanısı: Hastalıklar ve Test Araçları. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. ve ark. Doğu, Orta ve Güney Afrika Patologlar Koleji'nin Kuruluşu - Orta Doğu ve Güney Afrika Bölge Patoloji Okulu. Afrika. J. Lab. tıp. 9(1), 1-8 (2020).
Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü, Federal Sağlık Bakanlığı. COVID-19'un Laboratuvar Tanısı için Geçici Ulusal Strateji ve Rehber. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (erişim tarihi: 12 Ağustos 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. ve Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyonu için yanlış negatif testlerin zorlukları ve etkileri. Woloshin, S., Patel, N. ve Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyonu için yanlış negatif testlerin zorlukları ve etkileri.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS SARS-CoV-2 enfeksiyonlarında yanlış negatif testler ve sonuçları.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS Provokasyon için yanlış negatif testler ve SARS-CoV-2 enfeksiyonunun etkisi. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunum yolu önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha ileri perspektifler. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunum yolu önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha ileri perspektifler. Mouliou, DS ve Gourgoulianis, KI Ложноположительные ve ложноотрицательные случаи COVID-19: Solunum Prosesi ve Stratejileri лечения, вакцинация ve дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19'un yanlış pozitif ve yanlış negatif vakaları: solunum yolu önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye dönük yol.Muliu, DS ve Gurgulianis, KI COVID-19'un yanlış pozitif ve yanlış negatif vakaları: Solunum yolu önleme ve tedavisi, aşılama ve ileriye dönük stratejiler. Uzman Rahip Respire. tıp. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 tanısı: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek. Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 tanısı: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek.Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Acil Serviste COVID-19 Tanısı: Ağacı Gör, Ormanı Kaybet.Muliou DS, Ioannis P. ve Konstantinos G. Acil Servislerde COVID-19 Tanısı: Ağaçlar İçin Yeterli Orman Yok. Görün. tıp. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ve diğerleri. Abbott RealTime SARS-CoV-2 Testinin Analitik ve Klinik Performansının Doğrulanması ve Onaylanması. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatoonian, B. Geleneksel RT-PCR ile virüs enfeksiyonunun tespiti için COVID-19'un farklı genom bölgesinden beş primer setinin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatoonian, B. Geleneksel RT-PCR ile virüs enfeksiyonunun tespiti için COVID-19'un farklı genom bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatunyan, B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş set primerin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B.比较来自COVID-19 RT-PCR için bir yöntem daha var. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatoonian, B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için COVID-19'un 5 farklı genetik bölgesinin karşılaştırılması.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ve Aflatunyan B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması.İran. Mikrobiyoloji Dergisi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. ve ark. SARS-CoV-2 genom dizilerinin tespiti için ulusal dış kalite değerlendirme programının ön sonuçları. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ve diğerleri. Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüs 2 için Beş RT-PCR Kitinin Etkinliğinin Analitik Değerlendirmesi. J. Clinical. laboratuvar. anüs. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. ve ark. Çin'de gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayalı yedi ticari olarak satılan SARS-CoV-2 RNA tespit kitinin değerlendirilmesi. klinik. Kimyasal. laboratuvar. tıp. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ve ark. Yedi ticari RT-PCR COVID-19 tanı kitinin karşılaştırılması. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu ve diğerleri. SARS-CoV-2 nükleik asitlerinin tespiti için iki PCR kitinin tanı performansının karşılaştırılması. J. Clinical. laboratuvar. anüs. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, vb. Dört SARS-CoV-2 nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) platformunun karşılaştırmalı bir çalışması, ID NOW performansının hasta ve örnek türüne bağlı olarak önemli ölçüde bozulduğunu göstermiştir. tanı. mikrobiyoloji. Enfeksiyon. tez. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekülü. Abbott gerçek zamanlı SARS-CoV-2 analiz paketi eki. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (10 Ağustos 2020 itibarıyla) (2020).
Klein, S. ve diğerleri. RT-qPCR ve RT-LAMP ile hızlı ve büyük ölçekli tespit için manyetik boncuklar kullanılarak SARS-CoV-2 RNA izolasyonu. Virüs 12(8), 863 (2020).