Etiyopya'da SARS-CoV-2'yi tanımlamak için dört nükleik asit amplifikasyon tahlilinin performansı

Nature.com'u ziyaret ettiğiniz için teşekkür ederiz. Sınırlı CSS desteğine sahip bir tarayıcı sürümü kullanıyorsunuz. En iyi deneyim için, güncellenmiş bir tarayıcı kullanmanızı öneririz (veya Internet Explorer'da uyumluluk modunu devre dışı bırakın). Ayrıca, sürekli destek sağlamak için siteyi stilleri ve JavaScript olmadan gösteriyoruz.
Aynı anda üç slayttan oluşan bir atlıkarınca görüntüler. Bir seferde üç slayt boyunca hareket etmek için önceki ve sonraki düğmeleri kullanın veya bir seferde üç slayttan hareket etmek için sonunda kaydırıcı düğmelerini kullanın.
2019 Coronavirus hastalığı (Covid-19) salgından bu yana, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAATS) geliştirilmiştir ve standart deneyler haline gelmiştir. Her ne kadar birkaç test hızla geliştirilmiş ve laboratuvar teşhis testlerine uygulanmış olsa da, bu testlerin performansı çeşitli ayarlarda değerlendirilmemiştir. Bu nedenle, bu çalışma, kompozit referans standardını (CRS) kullanarak Abbott SARS-COV-2, Daan geni, BGI ve Sansure Biotech analizlerinin performansını değerlendirmeyi amaçlamıştır. Çalışma 1-30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (Ephi) gerçekleştirildi. 164 Nazofaringeal örnekler QIAAMP RNA mini kiti ve Abbott DNA örnek hazırlama sistemi kullanılarak çıkarıldı. 164 örnekten% 59.1'i pozitif ve% 40.9'u CRS için negatifti. Sansure biyoteknoloji pozitifliği CRS'ye kıyasla önemli ölçüde düşüktü (P <0.05). Sansure biyoteknoloji pozitifliği CRS'ye kıyasla önemli ölçüde düşüktü (P <0.05). Пожительные реззтаты sansure biotech ыыли значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech'in pozitif sonuçları CRS'ye göre anlamlı derecede düşüktü (P <0.05).与 crs 相比 ， sansure biyoteknoloji 的阳性率显着较低（ p <0.05）。与 crs 相比 ， sansure biyoteknoloji 的阳性率显着较低（ p <0.05）。 У sansure biotech было значильно менше положительных результатов по с с ю с crs (P <0,05). Sansure biyoteknolojisinin CRS'ye kıyasla önemli ölçüde daha az olumlu sonuçları vardı (P <0.05).Dört analizin genel anlaşması CRS'ye kıyasla% 96.3-100 idi. Sansure biyoteknoloji tahlilinin düşük pozitiflik oranına ek olarak, dört tahlilin performansı neredeyse karşılaştırılabilirdi. Bu nedenle, Sansure Biotech [sadece araştırma (RUO)] testi Etiyopya'da kullanımı için ek doğrulama gerektirir. Son olarak, uygun üreticinin talepleriyle testleri değerlendirmek için ek araştırmalar dikkate alınmalıdır.
Laboratuvar testi, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Coronavirus Hastalığı 2019 (COVID-19) Hazırlık ve Yanıt (SPRP) için stratejik planının bir parçasıdır. DSÖ, ülkelerin hazırlığı, uygun vaka yönetimini, uyanıklığı ve halk sağlığı zorluklarına hızlı tepki vermek için laboratuvar kapasitesi oluşturmaları gerektiğini önermektedir. Bu, laboratuvarın rolünün ortaya çıkan bulaşıcı ajanların hastalığını ve epidemiyolojisini karakterize etmenin ve yayılmalarını kontrol etmenin anahtarı olduğunu düşündürmektedir.
Covid-19 tanısı epidemiyolojik ve tıbbi bilgi, kişisel semptomlar/işaretler ve radyografik ve laboratuvar verileri gerektirir2. Çin, Wuhan'da Covid-19 salgını bildirildiğinden, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testleri (NAATS) geliştirilmiştir. Gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RRT-PCR), şiddetli akut solunum sendromu 2 (SARS-COV-2) 3 enfeksiyonunun laboratuvar tanısı için rutin ve standart bir yöntem olarak kullanılmıştır. SARS-COV-2'nin moleküler tespiti tipik olarak N (nükleokapsid protein geni), E (zarf protein geni) ve ORF1A/B'deki RDRP (RNA'ya bağlı RNA polimeraz genleri) genlerine (açık okuma çerçevesi 1A/B) dayanır. gen) viral genomdan tanımlanan bölge. Virüs tanıma için viral genomlarda bulunan ana korunmuş bölgeler olarak kabul edilirler4. Bu genler arasında, RDRP ve E genleri yüksek analitik tespit duyarlılığına sahiptir, N geni ise düşük analitik duyarlılığa sahiptir5.
PCR tahlillerinin performansı, ekstraksiyon reaktifleri, amplifikasyon/tespit reaktifleri, ekstraksiyon yöntemi, PCR makinesinin kalitesi ve diğer enstrümanlar gibi çeşitli faktörlere bağlı olarak değişebilir. Nisan 2020 itibariyle, dokuz ülkeden 48'den fazla farklı teşhis cihazı COVID-196 teşhisi için Acil Kullanım Yetkisi (EUA) aldı. Etiyopya'da, ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ve Quant-Studio7 dahil olmak üzere 26 halk sağlığı kurumunda SARS-COV-2'nin PCR tespiti için 14'ten fazla gerçek zamanlı PCR platformu kullanılmaktadır. Ek olarak, Daan Gene Testi, Abbott SARS-COV-2 Testi, Sansure Biotech testi ve SARS-COV-2 BGI testi gibi çeşitli PCR test kitleri mevcuttur. RRT-PCR oldukça hassas olmasına rağmen, COVID-19'lu bazı hastalar, uygunsuz toplama, taşıma, depolama ve taşıma ve laboratuvar testi nedeniyle numunelerde viral ribonükleik asitin (RNA) yetersiz kopyaları nedeniyle yanlış negatif sonuçlar bildirmektedir. Personelin Koşulları ve Eylemleri8. Ek olarak, diğer patojenik nükleik asitler veya inaktif/kalıntı SARS-COV-2 RNA ile numune veya kontrol taklit etme, döngü eşiği (CT) ayarı ve çapraz reaktivite, RRT-PCR9 deneylerinde yanlış pozitif sonuçlara yol açabilir. Bu nedenle, PCR testlerinin gerçekten aktif viral genler arasında bile ayrım yapamadıkları için gen fragmanlarının taşıyıcılarını tanımlayabileceği açıktır, böylece testler hastaları değil, sadece taşıyıcıları tanımlayabilir10. Bu nedenle, ortamımızdaki standart yöntemleri kullanarak teşhis performansını değerlendirmek önemlidir. Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) birçok NAAT reaktifi mevcut olsa da ve ülke çapında, etkinliklerinin karşılaştırmalı bir değerlendirmesi henüz bildirilmemiştir. Bu nedenle, bu çalışma, klinik örnekler kullanılarak RRT-PCR ile SARS-COV-2'nin tespiti için ticari olarak temin edilebilen kitlerin karşılaştırmalı performansını değerlendirmeyi amaçlamıştır.
Bu çalışmaya COVID-19 şüpheli toplam 164 katılımcı dahil edildi. Örneklerin çoğunluğu tedavi merkezlerinden (118/164 =%72), geri kalan 46 (%28) katılımcı tedavi dışı merkezlerdendi. Merkezde tedavi görmeyen katılımcılar arasında 15'inde (%9.1) klinik olarak şüpheli ve 31'i (%18.9) onaylanmış vakalarla temasları vardı. Doksan üç (%56.7) katılımcı erkekti ve katılımcıların ortalama (± SD) yaşı 31.10 (± 11.82) yıldı.
Bu çalışmada, Covid-19 için dört testin pozitif ve negatif oranları belirlenmiştir. Bu nedenle, Abbott SARS-COV-2 deneyi, Daan Gene 2019-NCOV analizi, SARS-COV-2 BGI deneyi ve Sansure Biotech 2019-NCOV tahlilinin pozitif oranları sırasıyla% 59.1,% 58.5,% 57.9 ve% 55.5 idi. Pozitif ve negatif kompozit referans standardı (CRS) skorları sırasıyla 97 (%59.1) ve 67 (%40.9) idi (Tablo 1). Bu çalışmada, CRS'nin tanımı “herhangi bir pozitif” kurala dayanıyordu, burada dört test sonucundan, aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu doğru pozitif veya negatif olarak kabul edildi.
Bu çalışmada, CRS'ye kıyasla tüm analizler için% 100 (% 95 CI 94.6-100) negatif bir yüzde anlaşması (NPA) bulduk. SANSURE Biyoteknoloji analizi minimal PPA% 93.8 (% 95 CI 87.2-97.1) ve DAAN geni 2019-NCOV analizi% 99.4 (% 95 CI 96.6-99.9) bir anlaşmaya sahipti. Buna karşılık, SARS-COV-2 BGI deneyi ile Sansure Biotech 2019-NCOV deneyi arasındaki genel anlaşma sırasıyla% 98.8 ve% 96.3 idi (Tablo 2).
Cohen'in Kappa CRS ve Abbott SARS-COV-2 test sonuçları arasındaki anlaşma katsayısı tamamen tutarlıydı (K = 1.00). Benzer şekilde, Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI ve Sansure Biotech 2019-NCOV tarafından tespit edilen Cohen'in Kappa değerleri de CRS ile tamamen tutarlıdır (K ≥ 0.925). Bu karşılaştırmalı analizde, ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech 2019-NCOV test sonuçlarının CRS sonuçlarından önemli ölçüde farklı olduğunu göstermiştir (P = 0.031) (Tablo 2).
Şek.1 Abbott SARS-COV-2 deneyi (kombine RDRP ve N geni) en düşük CT değerinin (<20 ct) yüzdesi, Sansure Biotech 2019-NCOV tesisinin% 87.6 ve ORF1A/B gen CT değeri, düşük CT değerinin (<20 CT) yüzdesinin% 50.3 (36-40 CT'nin% 50.3 olduğunu gösterdi. 1 Abbott SARS-COV-2 deneyi (kombine RDRP ve N geni) en düşük CT değerinin (<20 ct) yüzdesi, Sansure Biotech 2019-NCOV tesisinin% 87.6 ve ORF1A/B gen CT değeri, düşük CT değerinin (<20 CT) yüzdesinin% 50.3 (36-40 CT'nin% 50.3 olduğunu gösterdi.Şek.1, роцент наименшшего значения ct (<20 ct) анализ sars-2) (коза Abbott Sars-cov-2 (комбированный ген rdrp и n) а сapor, 87,6%%, а зapor сapor 87,6%, а зapor Orf1a/b анализа Sansure Biotech 2019-NCOV показало чо пент ct (<20 ct) значения ct ( ставлло%3,2. 1, Abbott SARS-COV-2'nin (kombine gen RDRP ve N) en düşük CT değeri (<20 CT) analizinin yüzdesi ve Sansure Biotech 2019-NCOV'un ORF1A/B gen analizinin CT değeri%50.3%CT (<20) ve yüksek değer CT (36) yüzdesinin 3,3,40 için hesaplandığını gösterdi.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测（结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比（ <20 ct） 为 87.6 ， sansure Biotech 2019-ncov 检测的 (<20 ct) ct%的百分比为%高 ct 值 (36-40 Ct 的百分比为%， 高 ct 值 (36-40 Ct 的百分比为 ， 高 ct 值 (36-40 Ct 的百分比为 ， 高 ct 值 (36-40 Ct 的百分比为 ， 高 ct 值 (36-40 Ct. Şekil 1'de gösterildiği gibi, Abbott SARS-COV-2 testinin (RDRP ve N gen kombinasyonu) en düşük CT değeri yüzdesi (<20 ct)%87.6'dır. Козазазазазазetli 1, анализ Abbott Sars-cov-2 (сетающий гены rdrp и n) имел гены rdrp и n) иающ гены x нене реное зче ре kuş р x ct (20 %87,6%, а значение ct гена orf1a/b и иследовании sansure biotech 2019- анализ ncov поал низкий ct. Şekil 1'de gösterildiği gibi, Abbott SARS-COV-2 deneyi (RDRP ve N genlerini birleştirerek)%87.6'da en düşük yüzde CT değerine (<20 ct) sahipken, SANSURE Biotech 2019 çalışmasında ORF1A/B geninin CT değeri-NCOV analizi düşük bir CT gösterdi. Процент значений (<20 ct) с%50,3%, п пений ct (36-40 ct) составил 3,2%. Değerlerin yüzdesi (<20 CT)%50.3 ve yüksek BT ​​değerlerinin (36-40 CT) yüzdesi%3.2 idi.Abbott SARS-COV-2 B testi 30'un üzerinde CT değerlerini kaydetti. Öte yandan, BGI SARS-COV-2 deneyi ORF1A/B geninde yüksek bir BT değeri vardı (> 36 CT) yüzdesi% 4 idi (Şekil 1). Öte yandan, BGI SARS-COV-2 deneyi ORF1A/B geninde yüksek bir BT değeri vardı (> 36 CT) yüzdesi% 4 idi (Şekil 1). С р κ-2 ct (> 36 ct) с р κ-ct (> 36 ct), рение ct (> 36 ct), рентлля 1), роцентя 4 коттттттттттттттттpP 20 not. Öte yandan, BGI SARS-COV-2 geni ORF1A/B'nin analizinde, yüzdesi% 4 olan yüksek BT ​​değerine (> 36 CT) sahipti (Şekil 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 检测中 ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT） 的百分比为 4 （图 1）。。 Öte yandan, BGI SARS-COV-2 tespitinde, yüksek BT ​​değerine (> 36 CT) sahip ORF1A/B genin yüzdesi% 4'tür (Şekil 1). С д р с со сое bgi SARS-COV-2 пент генов orf1a/b высокими значенияevi ct (> 36 ct) ku со's ct (> 36 ct) ku стая ct (> 36 ct) ku. Öte yandan, BGI SARS-COV-2 analizinde, yüksek BT ​​değerlerine (> 36 CT) sahip ORF1A/B genlerinin yüzdesi% 4 idi (Şekil 1).
Bu çalışmada 164 nazofaringeal örnek aldık. Her türlü tahlil için, ilgili üreticiler tarafından önerilen yöntemler ve kitler kullanılarak RNA izolasyonu ve amplifikasyonu gerçekleştirildi.
Bu çalışma, Abbott'un SARS-COV-2 testinin% 100 pozitif, negatif ve genel uyumla CRS ile aynı tespit performansına sahip olduğunu göstermiştir. Cohen'in Kappa sözleşmesi 1.00'dür ve CRS ile tam anlaşma gösterir. Washington Üniversitesi tarafından ABD'de benzer bir çalışma, CDC'nin laboratuvar belirlenmiş tahliline (LDA) kıyasla SARS-CoV-2 için Abbott testinin genel duyarlılığının ve özgüllüğünün sırasıyla% 93 ve% 100 olduğunu buldu. 11. Abbott SARS-COV-2 tespit sistemi, her iki gen de daha hassas ve yanlış negatifleri en aza indiren N ve RDRP genlerinin eşzamanlı birleşik tespitine dayanmaktadır12. Avusturya, Viyana'da yapılan bir çalışma ayrıca büyük ekstraksiyon numune hacimlerinin ve tespit elüent hacimlerinin seyreltme etkilerini en aza indirdiğini ve artan tespit verimliliğini gösterdi13. Bu nedenle, Abbott'un SARS-COV-2 deneyi için mükemmel eşleşmesi, aynı anda kombinatoryal genleri tespit eden, çok sayıda numune (0.5 mL) çıkaran ve büyük miktarda elüent (40 uL) kullanan bir platform algılama sistemi ile ilişkili olabilir.
Sonuçlarımız ayrıca DAAN genetik testinin tespit performansının CRS ile neredeyse aynı olduğunu göstermiştir. Bu, Çin'in Huainan kentindeki Anhui Üniversitesi'nde yapılan bir çalışma14 ve üreticinin% 100 olumlu anlaşma iddiasıyla tutarlıdır. Tutarlı sonuçların raporlarına rağmen, bir numune aynı elüiti yeniden test ettikten sonra yanlış negatifti, ancak Abbott SARS-CoV-2 ve Sansure Biotech NCOV-2019 tahlillerinde pozitifti. Bu, farklı tahlil tiplerinde sonuçlarda değişkenlik olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, Çin15'te yapılan çalışmada, Daan gen analizinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans analizlerine kıyasla önemli ölçüde farklıydı (p <0.05). Bununla birlikte, Çin15'te yapılan çalışmada, Daan gen analizinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans analizlerine kıyasla önemli ölçüde farklıydı (p <0.05). Т и не не, и иследовании, проведенном ıt китае15, резetim значиeder15, p <0,05) оapor (P <0,05) оллаля (p <0,05) оллаля (p <0,05) о&bary оллччч (P <0,05) о&BERт лннзом оллччатае15, лараторного элнного анализа. Bununla birlikte, Çin15'teki bir çalışmada, Daan Gene'nin analiz sonucu laboratuvar referans analizlerinden önemli ölçüde farklıydı (p <0.05).然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0.05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако В иследованииetim, проведесеског yerel15, резеского пее15, резескогоаеетзачаты п 005, po 05ьнннннннннннннноооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооо очале (Pat свнению с е лнным лалорным тестом. Bununla birlikte, Çin15'teki bir çalışmada, Daan'ın genetik testinin sonuçları referans laboratuvar testine kıyasla anlamlı derecede farklıydı (p <0.05).Bu tutarsızlık, SARS-COV-2'yi tespit etmek için referans testinin duyarlılığından kaynaklanabilir ve nedeni belirlemek için daha ileri çalışmalar önemli olabilir.
Buna ek olarak, çalışmamız SARS-COV-2 BGI tahlilinin CRS ile karşılaştırmalı performansını değerlendirdi, mükemmel pozitif yüzde anlaşması (PPA =%97.9), negatif yüzde anlaşması (NPA =%100) ve cinsiyete göre toplam yüzde anlaşması (OPA). ). =%98.8). Cohen'in kappa değerleri iyi bir uyum gösterdi (K = 0.975). Hollanda16 ve Çin15'teki çalışmalar tutarlı sonuçlar göstermiştir. SARS-COV-2 BGI testi, 10 uL amplifikasyon/tespit elüat kullanılarak tek bir gen (ORF1A/B) tespit testidir. Referans sonuçlarımızla iyi istatistiksel anlaşmaya rağmen, analiz toplam örneğin iki pozitif örneğini (%1.22) kaçırmıştır. Bunun hem hasta hem de topluluk düzeylerinde iletim dinamikleri için büyük klinik etkileri olabilir.
Bu çalışmada yer alan bir diğer karşılaştırmalı analiz, Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) deneyi; Toplam maç yüzdesi%96.3 idi. Anlaşmanın gücü, CRS ile tam bir anlaşmayı gösteren 0.925 olan Cohen'in Kappa değeri ile de belirlendi. Yine, sonuçlarımız Çin, Changsha'daki Central South Üniversitesi'nde ve Liuzhou Şehri, Liuzhou Halk Hastanesi, Klinik Laboratuvar Bölümü'nde yapılan çalışmalarla aynıdır. Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olsa da, ki-kare testi (MacNemar testi), sansure biyoteknoloji analizinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farkı olduğunu göstermiştir (P <0.005). Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olsa da, ki-kare testi (MacNemar testi), sansure biyoteknoloji analizinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farkı olduğunu göstermiştir (P <0.005). Несмотря на о, чо luv ыекое соатистичекошззанное Выше хекаше соетее yerel кеке соетее yerel х değerlendirme (критерий макнемара) показал, чо рез ut иат анатаз gerçekten biotech µсетет ната sansure biotech (P <apor (P <нч) ре пче рззеен р (P <apor) рзе п е рззее п е рapor ( 0,005). Yukarıdaki iyi istatistiksel anlaşma kaydedilmiş olsa da, ki-kare testi (McNemar testi), sansure biyoteknoloji tahlilinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğunu göstermiştir (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ macnemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异（ p <0.005）。尽管 记录 了 上述 统计 一致性 ， 但 检验 （（ Macnemar 检验 表明 ， ， sansure Biotech 检测 结果 crs 相比 具有 显着 （（ p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницou (p <0,005) межд ut анализом sansure biotech и crs. Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel anlaşmaya rağmen, ki-kare testi (McNemar testi), sansure biyoteknoloji deneyi ile CRS arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark (p <0.005) göstermiştir.Altı numunenin (%3.66) CRS'ye kıyasla yanlış negatif olduğu bulunmuştur (Ek Tablo 1); Bu, özellikle virüsün bulaşma dinamikleri göz önüne alındığında çok önemlidir. Yukarıdaki veriler de bu düşük algılama oranını desteklemektedir15.
Bu çalışmada, Abbott SARS-COV-2 tahlilinde bildirilen en düşük ortalama CT değeri olan her bir test ve ilgili platform için CT değerleri belirlenmiştir. Bu sonuç Abbott'un SARS-CoV-2'nin tespiti için eşzamanlı birleşik genetik test sistemi ile ilişkili olabilir. Bu nedenle, Şekil 1'e göre, Abbott SARS-COV-2 sonuçlarının% 87.6'sının CT değerleri 20'nin altında. 20-30 aralığında sadece az sayıda örnek sonuç (% 12.4) idi. 30 üzerindeki CT değerleri kaydedilmemiştir. Abbott'un SARS-COV-2 panel genetik test formatını kullanımına ek olarak, bu sonuç, şirketin 100 RNA kopyası/mL'lik düşük sınırından üç kat daha düşük olan düşük algılama limiti (32.5 RNA kopyası/mL) 18 ile ilişkili olabilir. ML) 19.
Bu çalışmanın bazı sınırlamaları vardır: Birincisi, kaynak eksikliğinden dolayı standart/referans yöntemlerimiz [viral yük veya diğer laboratuvar testleri (LDA)) yoktur. İkincisi, bu çalışmada kullanılan tüm örnekler nazofaringeal sürüntüler, sonuçlar diğer örnek tipleri için geçerli değildi ve üçüncüsü, örneklem büyüklüğümüz küçüktü.
Bu çalışma, nazofaringeal örnekler kullanarak SARS-COV-2 için dört RRT-PCR tahlilinin performansını karşılaştırmıştır. Tüm algılama deneyleri, Sansure Biotech deneyi hariç, neredeyse karşılaştırılabilir performansa sahipti. Ayrıca, Sansure Biyoteknoloji tahlilinde CRS'ye kıyasla düşük pozitiflik oranı tanımlanmıştır (P <0.05). Ayrıca, Sansure Biyoteknoloji tahlilinde CRS'ye kıyasla düşük pozitiflik oranı tanımlanmıştır (P <0.05). Кроме т ого, В т ы рен низий пыхент натожою с сою с с с с с с с с с с с с с с с с с с. Ek olarak, Sansure Biotech testi, CRS'ye kıyasla düşük pozitif sonuç yüzdesi göstermiştir (P <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。 Кроме т ого, анализ sansure Biotech имел lama боле низий у рез utьатательных рез utьатотельapor п савн bat. Ek olarak, Sansure Biotech deneyi CRS'ye kıyasla daha düşük bir pozitiflik oranına sahipti (P ​​<0.05).PPA, NPA ve genel anlaşmanın Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) analizi% 93.5'ini aştı ve 0.925'lik bir Cohen Kappa gücü gücü. Son olarak, Sansure Biotech deneyi (RUO) Etiyopya'da kullanım için daha fazla validasyona ihtiyaç duyar ve bireysel üreticilerden gelen talepleri değerlendirmek için ek araştırmalar dikkate alınmalıdır.
Karşılaştırmalı çalışma tasarımı Addis Ababa, Eka Kotebe Hastanesi, Milenyum Kilise Tedavi Merkezi, Zewooditu Memorial Hastanesi ve St. Peter Tüberküloz Uzman Hastanesi'nde dört sağlık tesisinde gerçekleştirildi. Veriler 1 ve 31 Aralık 2020 arasında toplanmıştır. Bu çalışma için tıbbi tesisler, yüksek sayıda vakası ve şehirdeki büyük tedavi merkezlerinin mevcudiyetine göre kasıtlı olarak seçilmiştir. Benzer şekilde, ABI 7500 ve Abbott M2000 gerçek zamanlı PCR cihazları dahil araçlar, NAAT reaktif üreticilerinin önerilerine göre seçildi ve Etiyopya'daki çoğu laboratuvarın en az dördü kullandığı için bu çalışma için dört PCR tespit kiti seçildi. Gene testi, Abbott SARS-COV-2 testi, Sansure Biotech Testi ve SARS-COV-2 BGI testi çalışma sırasında gerçekleştirildi).
SARS-COV-2 için test, 1-30 Aralık 2020 arasında, EPHI'ya atıfta bulunan COVID-19 için araştırılan bireylerden 3 mL viral taşıma ortamı (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çin) kullanılarak gerçekleştirildi. Nazofaringeal numuneler eğitimli numune koleksiyoncuları tarafından toplandı ve üçlü paketlerde Ephi'ye gönderildi. Nükleik asit izolasyonundan önce, her numuneye benzersiz bir kimlik numarası verilir. Ekstraksiyon, manuel ve otomatik ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak varışta hemen her numuneden gerçekleştirilir. Bu nedenle, Abbott M2000'in otomatik ekstraksiyonu için, numunenin 1.3 mL'si (0.8 mL ölü hacim ve 0.5 mL ekstraksiyon hacmi dahil) her numuneden çıkarıldı ve Abbott DNA numune hazırlama sistemi (Abbott Molecular Inc. des plaines, IL, ABD). ) Gerçek zamanlı olarak iki tur SARS-COV-2 (EUA) turunun genel sürecine (geri alma ve tespit) 96 [92 numune, iki tespit kontrolü ve iki teçhizat dışı kontrol (NTC)] dahil edildi. madencilik. Benzer şekilde, manuel ekstraksiyon için aynı numuneleri kullanın (otomatik çıkarma ve keşif için). Bu nedenle, işlem boyunca 140 ul numune, dokuz turda 24 (20 numune, iki test kontrolü ve iki NTC dahil) gruplar halinde QIAAMP viral RNA mini kiti (Qiagen GmbH, Hilden, Almanya) kullanılarak ekstrakte edildi. Manuel olarak ekstrakte edilen eluatlar amplifiye edildi ve SARS-COV-2 BGI deneyi, Daan gen deneyi ve Sansure Biotech deneyi kullanılarak bir ABI 7500 Termal Cycler kullanılarak tespit edildi.
SARS-COV-2 viral RNA'nın otomatik izolasyonu ve saflaştırılması Abbott DNA numune hazırlama reaktifleri kullanılarak manyetik boncuk prensibini takip eder. Numunelerin inaktivasyonu ve viral partiküllerin çözündürülmesi, proteini denatür etmek ve RNaz'ı inaktive etmek için guanidin izotiyosiyanat içeren bir deterjan kullanılarak gerçekleştirilir. RNA daha sonra silika, yani guanidinyum tuzu ve liziz tamponunun alkalin pH'sı kullanılarak katı faz ayırma ile proteinden ayrılır. Durulma aşaması, net bir çözüm üretmek için kalan proteinleri ve kalıntıları ortadan kaldırır. Şeffaf RNA, aletin manyetik alanı20,21 kullanılarak silika bazlı mikropartiküllerden izole edilir. Öte yandan, RNA'nın manuel izolasyonu ve saflaştırılması, manyetik bir stand yerine santrifüj kullanılarak spin kolon yöntemi ile gerçekleştirilir ve mikropartiküllerin eluent'ten ayrılması.
Abbott gerçek zamanlı SARS-CoV-2 algılama testi (Abbott Molecular, Inc.), WHO ve FDA'dan EUA19,22 alan üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi. Bu protokolde, ekstraksiyondan önce numune inaktivasyonu, bir su banyosunda 56 ° C'de 30 dakika boyunca gerçekleştirildi. Virüs inaktivasyonundan sonra, bir Abbott M2000 DNA numune hazırlama sistemi kullanılarak 0.5 mL VTM'den bir Abbott M2000 SP cihazında nükleik asit ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Üreticiye göre. Amplifikasyon ve tespit bir Abbott M2000 RT-PCR aleti kullanılarak yapıldı ve RDRP ve N genleri için çift saptama yapıldı. ROX) ve VIC P (tescilli boya) iç kontrollerin hedeflenmesi ve tespiti için, her iki amplifikasyon ürününün eşzamanlı olarak tespit edilmesine 19.
Bu kitin amplifikasyon tespit yöntemi, tek adımlı RT-PCR teknolojisine dayanmaktadır. ORF1A/B ve N genleri, hedef bölge amplifikasyonunu tespit etmek için Daan gen teknolojisi tarafından korunmuş bölgeler olarak seçildi. Spesifik primerler ve floresan problar (FAM ile etiketlenmiş N gen probları, VIC ile etiketlenmiş ORF1A/B probları), numunelerde SARS-COV-2 RNA'yı tespit etmek için tasarlanmıştır. Son eluent ve ana karışımlar, 25 uL'lik bir nihai hacme kadar 20 uL ana karışımına 5 uL eluent ilave edilerek hazırlandı. Amplifikasyon ve tespit aynı anda bir ABI 750024 gerçek zamanlı PCR cihazında gerçekleştirildi.
ORF1A/B ve N genleri, Sansure Biotech NCOV-2019 nükleik asit teşhis kiti (floresan PCR tespiti) kullanılarak tespit edildi. ORF1A/B bölgesi için FAM kanalını ve N geni için Rox kanalını seçerek her hedef gen için spesifik problar hazırlayın. Bu tahlil kitine, elüent ve ana karışım reaktifleri aşağıdaki gibi eklenir: 30 uL ana karışım reaktifi ve tespit/amplifikasyon için 20 uL elüte numune hazırlayın. Amplifikasyon/tespit için gerçek zamanlı PCR ABI 750025 kullanıldı.
SARS-COV-2 BGI testi, COVID-19 tanısı için floresan gerçek zamanlı bir RRT-PCR kitidir. Hedef bölge, tek bir gen algılama yöntemi olan SARS-COV-2 genomunun ORF1A/B bölgesinde bulunur. Ek olarak, insan temizliği geni β-aktin, dahili olarak düzenlenmiş bir hedef gendir. Ana karışım, 20 uL ana karışım reaktifi ve 10 uL ekstrakte edilen RNA numunesi bir kuyu plakası 26'da karıştırılarak hazırlanır. Amplifikasyon ve tespit için bir ABI 7500 floresan kantitatif gerçek zamanlı PCR aleti kullanıldı. Tüm nükleik asit amplifikasyonu, her bir tahlil için PCR çalışma koşulları ve sonuçların yorumlanması ilgili üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi (Tablo 3).
Bu karşılaştırmalı analizde, dört analiz için yüzde anlaşma (pozitif, negatif ve genel) ve diğer karşılaştırma parametrelerini belirlemek için referans standardı yöntemini kullanmadık. Her test karşılaştırması CRS ile yapıldı, bu çalışmada CRS, “pozitif” kural tarafından belirlendi ve sonuç tek bir testle değil, en az iki eşleşen test sonucu kullandık. Buna ek olarak, Covid-19 iletimi durumunda, yanlış negatif sonuçlar yanlış pozitif sonuçlardan daha tehlikelidir. Bu nedenle, bir CRS sonucundan mümkün olduğunca doğru bir şekilde “pozitif” demek için, en az iki test testi pozitif olmalıdır, yani bir EUA testinden en az bir pozitif sonuç gelebilir. Bu nedenle, dört test sonucundan, aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu doğru pozitif veya negatif olarak kabul edilir.
Veriler yapılandırılmış veri çıkarma formları kullanılarak toplandı, veri girişi ve analizi Excel istatistik yazılımı ve tanımlayıcı istatistikler için SPSS sürüm 23.0 kullanılarak gerçekleştirildi. Pozitif, negatif ve genel yüzde anlaşma analiz edildi ve CRS ile her bir yöntemin anlaşma derecesini belirlemek için bir Kappa skoru kullanıldı. Kappa değerleri aşağıdaki gibi yorumlanmaktadır: hafif anlaşma için 0.01 ila 0.20, genel anlaşma için 0.21 ila 0.40, ılımlı anlaşma için 0.41-0.60, büyük anlaşma için 0.61-0.80 ve tam anlaşma için 0.81-0.99.
Addis Ababa Üniversitesi'nden etik açıklık elde edildi ve bu çalışma için tüm deney protokolleri Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nün Bilimsel Etik Gözden Geçirme Kurulu tarafından onaylandı. Ephi Etik Lisansı için referans numarası EPHI/IRB-279-2020'dir. Tüm yöntemler, COVID-19 tedavisi için Etiyopya Ulusal Kapsamlı Kılavuzların önerileri ve hükümlerine uygun olarak uygulanmıştır. Ayrıca, çalışmaya katılmadan önce tüm çalışma katılımcılarından yazılı bilgilendirilmiş onam alınmıştır.
Bu çalışmada elde edilen veya analiz edilen tüm veriler yayınlanan bu makaleye dahil edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarını destekleyen veriler, makul talep üzerine ilgili yazardan temin edilebilir.
Dünya Sağlık Örgütü. COVID-19 için Laboratuvar Test Stratejileri için Öneriler: Geçici Rehberlik, 21 Mart 2020 No. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Acil Servis'te Akıllı Teşhis: Uygulamada All-in. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Acil Servis'te Akıllı Teşhis: Uygulamada All-in.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ve Gurgulianis, Ki Acil Servisde Covid-19'un akıllı teşhisi: Uygulamada her şey.Muliou DS, Pantazopoulos I. ve Gurgulyanis Ki Acil Servislerde Covid-19'un akıllı teşhisi: Uygulamada uçtan uca entegrasyon. Uzman Rahip soluk. ilaç. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, Sl & St George, K. Mitchell, Sl & St George, K.Mitchell, SL ve St. George, K.Mitchell SL ve St. George K. J. Klinik. Virüs. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
DSÖ. Şüpheli insan hastalığında Koronavirüs Hastalığı 2019'un (COVID-19) laboratuvar tespiti. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (erişim 15 Ağustos 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. ve ark. Covid-19 Teşhis: Hastalıklar ve Test Araçları. ACS Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. ve ark. Doğu, Orta ve Güney Afrika Patologlar Koleji'nin kurulması - Orta Doğu ve Güney Afrika Bölgesel Patoloji Okulu. Afrika. J. Lab. ilaç. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü, Federal Sağlık Bakanlığı. COVID-19'un laboratuvar tanısı için geçici ulusal strateji ve rehberlik. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (erişim 12 Ağustos 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, SARS-CoV-2 enfeksiyonu zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler olarak. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, SARS-CoV-2 enfeksiyonu zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler olarak.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim, SARS-COV-2 enfeksiyonları ve sonuçları için yanlış negatif testler olarak.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim, provokasyon için yanlış negatif testler ve SARS-CoV-2 enfeksiyonunun etkisi olarak. N. Eng. J. Tıp. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI yanlış pozitif ve yanlış negatif Covid-19 Olgular: Solunum önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve diğer perspektifler. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI yanlış pozitif ve yanlış negatif Covid-19 Olgular: Solunum önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve diğer perspektifler. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, Вакцинация и дальнейше персективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI yanlış pozitif ve yanlış negatif Covid-19 vakası: Solunum önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye doğru yol.Muliu, DS ve Gurgulianis, KI yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunum önleme ve tedavisi, aşılama ve ileriye yönelik stratejiler. Uzman Rahip soluk. ilaç. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Acil Servis Teşhisi: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Acil Servis Teşhisi: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek.Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Covid-19 Acil Servis Teşhisi: Ağaca bakın, ormanı kaybet.Muliou DS, Ioannis P. ve Konstantinos G. Covid-19 Acil Servislerde Tanı: Ağaçlar için yeterli orman yok. Belli olmak. ilaç. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ve ark. Abbott gerçek zamanlı SARS-COV-2 analizinin analitik ve klinik performansının doğrulanması ve validasyonu. J. Klinik. Virüs. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Virüs enfeksiyonunun farklı genom bölgesinden geleneksel RT-PCR ile tespiti için beş primer seti karşılaştırma. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalant-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Virüs enfeksiyonunun farklı genom bölgelerinden beş primer setinin virüs enfeksiyonunun geleneksel RT-PCR ile tespiti için karşılaştırılması.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatunyan, B. Covid-19 genomunun farklı bölgelerinden beş primer setinin viral enfeksiyonun geleneksel RT-PCR ile saptanması için karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için Covid-19'un 5 farklı genetik bölgesinin karşılaştırılması.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ve Aflatunyan B. Covid-19 genomunun farklı bölgelerinden beş primer setinin viral enfeksiyonun geleneksel RT-PCR ile tespiti.İran. J. Mikrobiyoloji. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. ve ark. SARS-COV-2 genom sekanslarının tespiti için Ulusal Dış Kalite Değerlendirme Programının ön sonuçları. J. Klinik. Virüs. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ve ark. Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs için beş RT-PCR kitinin etkinliğinin analitik değerlendirilmesi 2. J. Clinical. laboratuvar. anüs. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. ve ark. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayanan Çin'de piyasada bulunan yedi SARS-COV-2 RNA tespit kitinin değerlendirilmesi. klinik. Kimyasal. laboratuvar. ilaç. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB ve ark. Yedi ticari RT-PCR COVID-19 teşhis kitinin karşılaştırılması. J. Klinik. Virüs. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, vd. SARS-COV-2 nükleik asitlerinin tespiti için iki PCR kitinin tanısal performansının karşılaştırılması. J. Klinik. laboratuvar. anüs. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, vb. Dört SARS-COV-2 nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) platformlarının karşılaştırmalı bir çalışması, Now Now performansının hasta ve numune tipine bağlı olarak önemli ölçüde bozulduğunu göstermiştir. Teşhis. mikrobiyoloji. Enfekte. Dis. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molekülü. Abbott gerçek zamanlı SARS-COV-2 analiz paketi eki. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sar-cov-2-assay. 1-12. (10 Ağustos 2020 itibariyle) (2020).
Klein, S. ve ark. RT-QPCR ve RT-LAMP tarafından hızlı büyük ölçekli tespit için manyetik boncuklar kullanılarak SARS-COV-2 RNA izolasyonu. Virüs 12 (8), 863 (2020).