Etiyopya'da SARS-CoV-2'yi tanımlamak için dört nükleik asit amplifikasyon testinin performansı

Nature.com'u ziyaret ettiğiniz için teşekkür ederiz. Sınırlı CSS desteğine sahip bir tarayıcı sürümü kullanıyorsunuz. En iyi deneyim için güncellenmiş bir tarayıcı kullanmanızı (veya Internet Explorer'da Uyumluluk Modunu devre dışı bırakmanızı) öneririz. Ayrıca sürekli desteği sağlamak için siteyi stiller ve JavaScript olmadan gösteriyoruz.
Aynı anda üç slayttan oluşan bir atlıkarınca görüntüler. Aynı anda üç slaytta ilerlemek için Önceki ve Sonraki düğmelerini kullanın veya aynı anda üç slaytta ilerlemek için sondaki kaydırma düğmelerini kullanın.
2019 koronavirüs hastalığı (COVID-19) salgınından bu yana dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirildi ve standart testler haline geldi. Her ne kadar birçok test hızlı bir şekilde geliştirilip laboratuvar tanı testlerine uygulanmış olsa da, bu testlerin performansı çeşitli ortamlarda değerlendirilmemiştir. Bu nedenle bu çalışma, Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI ve Sansure Biotech testlerinin performansını Kompozit Referans Standardı (CRS) kullanarak değerlendirmeyi amaçladı. Çalışma, Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) 1 ila 30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında gerçekleştirildi. QIAamp RNA mini kiti ve Abbott DNA örnek hazırlama sistemi kullanılarak 164 nazofaringeal örnek ekstrakte edildi. 164 örneğin %59,1'i CRS açısından pozitif, %40,9'u ise negatifti. Sansure Biotech pozitifliği CRS'ye göre anlamlı derecede düşüktü (p<0,05). Sansure Biotech pozitifliği CRS'ye göre anlamlı derecede düşüktü (p<0,05). Sansure Biotech, CRS ile uyumlu değildir (p < 0,05). Sansure Biotech'in pozitif sonuçları CRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0,05).CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 Sansure Biotech, CRS'nin en iyi şekilde kullanılmasını sağladı (p < 0,05). Sansure Biotech'te CRS'ye kıyasla anlamlı derecede daha az pozitif sonuç elde edildi (p < 0,05).Dört analizin genel uyumu, CRS ile karşılaştırıldığında %96,3-100 idi. Sansure Biotech testinin düşük pozitiflik oranına ek olarak, dört testin performansı da neredeyse karşılaştırılabilir düzeydeydi. Bu nedenle, Sansure Biotech [Yalnızca Araştırma (RUO)] testinin Etiyopya'da kullanımı için ek doğrulama yapılması gerekmektedir. Son olarak, analizleri uygun üreticinin iddialarıyla değerlendirmek için ek araştırmalar dikkate alınmalıdır.
Laboratuvar testleri, Dünya Sağlık Örgütü'nün (WHO) Coronavirüs Hastalığı 2019 (COVID-19) Hazırlık ve Müdahale (SPRP) Stratejik Planının bir parçasıdır. DSÖ, ülkelerin hazırlıklı olma, uygun vaka yönetimi, dikkat ve halk sağlığı sorunlarına hızlı yanıt verme becerilerini geliştirmek için laboratuvar kapasitesi geliştirmeleri gerektiğini tavsiye ediyor. Bu, laboratuvarın rolünün, ortaya çıkan bulaşıcı ajanların hastalığını ve epidemiyolojisini karakterize etmede ve bunların yayılmasını kontrol etmede anahtar rol oynadığını göstermektedir.
COVID-19 tanısı epidemiyolojik ve tıbbi bilgileri, kişisel semptomları/belirtileri ve radyografik ve laboratuvar verilerini gerektirir2. COVID-19 salgınının Çin'in Wuhan kentinde bildirilmesinden bu yana dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirildi. Gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR), şiddetli akut solunum sendromu 2 (SARS-CoV-2)3 enfeksiyonunun laboratuvar tanısı için rutin ve standart bir yöntem olarak kullanılmıştır. SARS-CoV-2'nin moleküler tespiti tipik olarak ORF1a/b'deki (açık okuma çerçevesi 1a/b) N (nükleokapsid protein geni), E (zarf protein geni) ve RdRp (RNA'ya bağımlı RNA polimeraz geni) genlerine dayanır. . gen) bölgesi viral genomdan tanımlanır. Virüs tanıma için viral genomlarda bulunan ana korunmuş bölgeler olarak kabul edilirler4. Bu genlerden RdRp ve E genleri yüksek analitik tespit duyarlılığına sahipken, N geni düşük analitik duyarlılığa sahiptir5.
PCR testlerinin performansı, ekstraksiyon reaktifleri, amplifikasyon/saptama reaktifleri, ekstraksiyon yöntemi, PCR makinesinin ve diğer cihazların kalitesi gibi çeşitli faktörlere bağlı olarak değişebilir. Nisan 2020 itibarıyla dokuz ülkeden 48'den fazla farklı teşhis cihazı, COVID-196 teşhisi için Acil Kullanım İzni (EUA) almıştır. Etiyopya'da ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ve Quant-studio7 dahil olmak üzere 26 kamu sağlık kurumunda SARS-CoV-2'nin PCR tespiti için 14'ten fazla gerçek zamanlı PCR platformu kullanılıyor. Ayrıca Daan Gene testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi gibi çeşitli PCR test kitleri de mevcuttur. Her ne kadar rRT-PCR son derece hassas olsa da, bazı COVID-19 hastaları, uygunsuz toplama, taşıma, depolama ve işleme ile laboratuvar testlerinden dolayı numunelerdeki viral ribonükleik asit (RNA) kopyalarının yetersiz olması nedeniyle hatalı negatif sonuçlar bildirmektedir. personelin koşulları ve eylemleri8. Ayrıca numune veya kontrolün yanlış kullanılması, döngü eşiği (Ct) ayarı ve diğer patojenik nükleik asitler veya aktif olmayan/artık SARS-CoV-2 RNA ile çapraz reaktivite, rRT-PCR9 testlerinde yanlış pozitif sonuçlara yol açabilir. Bu nedenle, PCR testlerinin gerçekten aktif viral genleri bile ayırt edemediğinden, gen parçalarının taşıyıcılarını tanımlayabildiği açıktır; dolayısıyla testler hastaları değil yalnızca taşıyıcıları tanımlayabilir10. Bu nedenle, ortamımızda standart yöntemleri kullanarak teşhis performansını değerlendirmek önemlidir. Birçok NAAT reaktifi Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) ve ülke genelinde mevcut olmasına rağmen, bunların etkinliğine ilişkin karşılaştırmalı bir değerlendirme henüz bildirilmemiştir. Bu nedenle, bu çalışma, klinik örnekler kullanılarak rRT-PCR ile SARS-CoV-2'nin tespiti için ticari olarak mevcut kitlerin karşılaştırmalı performansını değerlendirmeyi amaçladı.
Bu çalışmaya COVID-19 şüphesi olan toplam 164 katılımcı dahil edildi. Örneklerin çoğunluğu tedavi merkezlerinden (118/164 = %72) geri kalan 46 (%28) katılımcı ise tedavi dışı merkezlerdendi. Merkezde tedavi görmeyen katılımcılardan 15'inin (%9,1) klinik olarak şüpheli vakaları vardı ve 31'inin (%18,9) doğrulanmış vakalarla temasları vardı. Katılımcıların 93'ü (%56,7) erkek olup, katılımcıların ortalama (± SD) yaşı 31,10 (± 11,82) yıl idi.
Bu çalışmada COVID-19'a yönelik dört testin pozitif ve negatif oranları belirlendi. Böylece Abbott SARS-CoV-2 testinin, Daan Gene 2019-nCoV testinin, SARS-CoV-2 BGI testinin ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin pozitif oranları sırasıyla %59,1, %58,5, %57,9 ve %55,5 oldu. . Pozitif ve negatif bileşik referans standardı (CRS) skorları sırasıyla 97 (%59,1) ve 67 (%40,9) idi (Tablo 1). Bu çalışmada CRS tanımı “herhangi bir pozitif” kuralına dayanıyordu; burada dört test sonucundan aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu gerçek pozitif veya negatif olarak kabul ediliyordu.
Bu çalışmada, CRS ile karşılaştırıldığında tüm analizler için %100'lük (%95 GA 94,6-100) bir negatif yüzde anlaşması (NPA) bulduk. Sansure Biyoteknoloji analizi minimum %93,8 (%95 CI 87,2-97,1) PPA gösterdi ve Daan Gene 2019-nCoV analizi %99,4 (%95 CI 96,6-99,9) genel anlaşmaya sahipti. Buna karşılık SARS-CoV-2 BGI testi ile Sansure Biotech 2019-nCoV testi arasındaki genel uyum sırasıyla %98,8 ve %96,3 idi (Tablo 2).
CRS ve Abbott SARS-CoV-2 testi sonuçları arasındaki Cohen'in kappa uyum katsayısı tamamen tutarlıydı (K = 1,00). Benzer şekilde Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ve Sansure Biotech 2019-nCoV tarafından tespit edilen Cohen kappa değerleri de CRS (K ≥ 0,925) ile tamamen tutarlıdır. Bu karşılaştırmalı analizde ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech 2019-nCoV tahlil sonuçlarının CRS sonuçlarından önemli ölçüde farklı olduğunu gösterdi (p = 0,031) (Tablo 2).
Şekil 2'de gösterildiği gibi.Şekil 1'de Abbott SARS-CoV-2 testinin (birleşik RdRp ve N geni) en düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesi %87,6 idi ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geni Ct değeri, düşük Ct değerinin yüzdesini gösterdi Ct değeri (< 20 Ct) %50,3 ve yüksek Ct değeri (36-40 Ct) %3,2. Şekil 1'de Abbott SARS-CoV-2 testinin (birleşik RdRp ve N geni) en düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesi %87,6 idi ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geni Ct değeri, düşük Ct değerinin yüzdesini gösterdi Ct değeri (< 20 Ct) %50,3 ve yüksek Ct değeri (36-40 Ct) %3,2.Şekil 2'de gösterildiği gibi.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp ve N) %87,6 oranında, а Sansure Biotech 2019-nCoV'un Ct'si ORF1a/b'yi analiz ederek Ct'yi (< 20 Ct) %50,3 oranında korudu, высокое значение Ct (36–40 Ct) ise %3,2'dir. Şekil 1'de, Abbott SARS-CoV-2'nin (birleşik gen RdRp ve N) en düşük Ct değeri (< 20 Ct) analizinin yüzdesi %87,6 idi ve Sansure Biotech 2019-nCoV'nin ORF1a/b gen analizinin Ct değeri şunu gösterdi: düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesinin %50,3'ten, yüksek Ct değerinin (36-40) yüzdesinden sorumlu olduğu Ct) %3,2'yi oluşturuyordu.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为%87,6，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) Bu oran %3,2'dir. Şekil 1’de gösterildiği gibi Abbott SARS-CoV-2 testinin (RdRp ve N geninin birleşimi) en düşük Ct değeri yüzdesi (< 20 Ct) %87,6 olup, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geni Ct değeri düşük Ct(< 20 Ct) yüzdesinin %50,3 olduğunu gösterir, 高Ct值(36–40 Ct) 的 yüzdesi %3,2'dir. 1. virüse rağmen, Abbott SARS-CoV-2 (birleşik RdRp ve N'nin ortak ürünü) veya daha yeni bir virüsle karşı karşıya kalınıyor. Ct (< 20 Ct) %87,6 oranında, Sansure Biotech 2019'da Ct гена ORF1a/b ile birlikte nCoV'nin analizi Ct. Şekil 1'de gösterildiği gibi Abbott SARS-CoV-2 testi (RdRp ve N genlerini birleştiren), %87,6 ile en düşük Ct yüzdesine (< 20 Ct) sahipken, Sansure'daki ORF1a/b geninin Ct değeri Biotech 2019 çalışması – nCoV analizi düşük bir Ct gösterdi. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Değerlerin yüzdesi (< 20 Ct) %50,3, yüksek Ct değerlerinin (36-40 Ct) yüzdesi ise %3,2 oldu.Abbott SARS-CoV-2 B testinde Ct değerleri 30'un üzerinde kaydedildi. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 testinde ORF1a/b geninin Ct değeri yüksek (> 36 Ct) yüzdesi %4 idi (Şekil 1). Öte yandan BGI SARS-CoV-2 testinde ORF1a/b geninin Ct değeri yüksek (> 36 Ct) yüzdesi %4 idi (Şekil 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b ve высокое значение Ct (> 36 Ct), которого составлял 4%'e uygundur (рис.1). Öte yandan BGI SARS-CoV-2 geni ORF1a/b analizinde Ct değeri yüksek (> 36 Ct) olup, yüzdesi %4 idi (Şekil 1).BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b ve Ct 值（> 36 Ct）的百 ve %4 (图1) olarak belirlendi. BGI SARS-CoV-2 tespitinde ise Ct değeri yüksek (>36 Ct) olan ORF1a/b geninin yüzdesi %4’tür (Şekil 1). Bu virüs, BGI SARS-CoV-2'nin ORF1a/b genlerini yaydığı ve Ct (>36 Ct)'nin %4'ünü (ürün 1) oluşturduğunu gösteriyor. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 analizinde yüksek Ct değerlerine (>36 Ct) sahip ORF1a/b genlerinin yüzdesi %4 olarak bulundu (Şekil 1).
Bu çalışmada 164 nazofaringeal örnek aldık. Tüm analiz türleri için, ilgili üreticiler tarafından önerilen yöntemler ve kitler kullanılarak RNA izolasyonu ve amplifikasyonu gerçekleştirildi.
Bu çalışma, Abbott'un SARS-CoV-2 testinin %100 pozitif, negatif ve genel uyumla CRS ile aynı tespit performansına sahip olduğunu gösterdi. Cohen'in kappa anlaşmasının 1,00 olması CRS ile tam anlaşmaya varıldığını gösteriyor. ABD'deki Washington Üniversitesi tarafından yapılan benzer bir çalışma, Abbott testinin SARS-CoV-2 için genel duyarlılığının ve özgüllüğünün, CDC'nin laboratuvar tarafından belirlenen tahliliyle (LDA) karşılaştırıldığında sırasıyla %93 ve %100 olduğunu buldu. . 11. Abbott SARS-CoV-2 tespit sistemi, N ve RdRp genlerinin eşzamanlı kombine tespitine dayanmaktadır; çünkü her iki gen de daha hassastır ve yanlış negatifleri en aza indirir12. Avusturya'nın Viyana kentinde yapılan bir araştırma da büyük ekstraksiyon numunesi hacimlerinin ve tespit eluent hacimlerinin seyreltme etkilerini en aza indirdiğini ve tespit verimliliğini arttırdığını gösterdi13. Bu nedenle Abbott'un SARS-CoV-2 testi için mükemmel uyumu, eş zamanlı olarak kombinatoryal genleri tespit eden, çok sayıda numuneyi (0,5 ml) çıkaran ve büyük miktarda eluent (40 µl) kullanan bir platform tespit sistemi ile ilişkilendirilebilir.
Sonuçlarımız ayrıca Daan genetik testinin tespit performansının CRS ile hemen hemen aynı olduğunu gösterdi. Bu, Çin'in Huainan kentindeki Anhui Üniversitesi'nde yürütülen bir çalışma14 ve üreticinin %100 olumlu anlaşma iddiasıyla tutarlıdır. Tutarlı sonuçlara ilişkin raporlara rağmen, bir örnek aynı eluatın yeniden test edilmesinin ardından hatalı negatif sonuç verdi ancak Abbott SARS-CoV-2 ve Sansure Biotech nCoV-2019 testlerinde pozitif çıktı. Bu, farklı analiz türleri arasında sonuçlarda değişkenlik olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, Çin'de gerçekleştirilen çalışmada15, Daan Gen testinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05). Bununla birlikte, Çin'de gerçekleştirilen çalışmada15, Daan Gen testinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Kитае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Ancak Çin'de yapılan bir çalışmada15 Daan Gene'nin analiz sonucu, laboratuvar referans analizlerinden önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05).然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Kитае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Ancak Çin'de yapılan bir çalışmada15 Daan'ın genetik testinin sonuçları, referans laboratuvar testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05).Bu tutarsızlık, referans testinin SARS-CoV-2'yi tespit etme konusundaki hassasiyetinden kaynaklanıyor olabilir ve sebebin belirlenmesi için daha ileri çalışmalar önemli olabilir.
Ek olarak, çalışmamız SARS-CoV-2 BGI testinin CRS ile karşılaştırmalı performansını değerlendirdi; mükemmel pozitif yüzde uyumu (PPA = %97,9), negatif yüzde uyumu (NPA = %100) ve cinsiyete göre genel yüzde uyumu gösterdi ( OPA). ). = %98,8). Cohen'in Kappa değerleri iyi bir uyum gösterdi (K = 0,975). Hollanda16 ve Çin'deki15 çalışmalar tutarlı sonuçlar göstermiştir. SARS-CoV-2 BGI testi, 10 µl amplifikasyon/saptama eluatı kullanan tek gen (ORF1a/b) tespit testidir. Referans sonuçlarımızla istatistiksel olarak iyi bir uyum içinde olmasına rağmen, analiz toplam numunenin iki pozitif numunesini (%1,22) kaçırdı. Bunun hem hasta hem de toplum düzeyinde bulaşma dinamikleri üzerinde büyük klinik etkileri olabilir.
Bu çalışmaya dahil edilen bir diğer karşılaştırmalı analiz ise Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) testidir; genel maç yüzdesi %96,3 oldu. Anlaşmanın gücü aynı zamanda CRS ile tam anlaşmayı gösteren 0,925 olan Cohen Kappa değeriyle de belirlendi. Sonuçlarımız yine Çin'in Changsha kentindeki Central South Üniversitesi'nde ve Çin'in Liuzhou Şehri'ndeki Liuzhou Halk Hastanesi'nin Klinik Laboratuvar Bölümünde yürütülen çalışmalarla aynıdır17. Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olmasına rağmen ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testi sonucunun CRS ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu gösterdi (p < 0,005). Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmiş olmasına rağmen ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testi sonucunun CRS ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu gösterdi (p < 0,005). Şuna da bakın: bu sizin için çok önemli bir şey değil, kriteriy хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmesine rağmen ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech testi sonucunun CRS ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılığa sahip olduğunu gösterdi (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性,但卡方检验（MacNemar, Sansure Biotech相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biyoteknoloji 检测 结果crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ve CRS. Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel anlaşmaya rağmen ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech testi ile CRS arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark (p < 0,005) gösterdi.Altı örneğin (%3,66) CRS'ye kıyasla yanlış negatif olduğu bulundu (Ek Tablo 1); Özellikle virüsün bulaşma dinamikleri göz önüne alındığında bu çok önemlidir. Yukarıdaki veriler aynı zamanda bu düşük tespit oranını da desteklemektedir15.
Bu çalışmada, Abbott SARS-CoV-2 testinde bildirilen en düşük ortalama Ct değeri ile her test ve ilgili platform için Ct değerleri belirlendi. Bu sonuç, Abbott'un SARS-CoV-2 tespiti için eş zamanlı kombine genetik test sistemiyle ilişkili olabilir. Dolayısıyla Şekil 1'e göre Abbott SARS-CoV-2 sonuçlarının %87,6'sının Ct değerleri 20'nin altındaydı. Sadece az sayıda örnek sonucu (%12,4) 20-30 aralığındaydı. 30'un üzerindeki Ct değerleri kaydedilmedi. Abbott'un SARS-CoV-2 paneli genetik test formatını kullanmasına ek olarak bu sonuç, şirketin 100 RNA kopyası alt sınırından üç kat daha düşük olan alt tespit sınırıyla (32,5 RNA kopya/mL)18 ilgili olabilir. /mL. mi)19.
Bu çalışmanın bazı sınırlamaları vardır: birincisi, kaynak yetersizliğinden dolayı [viral yük veya diğer laboratuvar testleri (LDA) gibi] standart/referans yöntemlerimiz yoktur. İkincisi, bu çalışmada kullanılan tüm örnekler nazofaringeal sürüntülerdi, ancak sonuçlar diğer örnek türleri için geçerli değildi ve üçüncüsü, örnek boyutumuz küçüktü.
Bu çalışma, nazofaringeal örnekler kullanılarak SARS-CoV-2 için dört rRT-PCR testinin performansını karşılaştırdı. Sansure Biotech testi hariç tüm tespit analizleri neredeyse benzer performansa sahipti. Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye göre düşük pozitiflik oranı belirlendi (p<0,05). Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye göre düşük pozitiflik oranı belirlendi (p<0,05). Bu nedenle, Sansure Biotech'in CRS ile en iyi performansı gösterdiğini görüyoruz (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testi, CRS'ye kıyasla düşük yüzdede pozitif sonuç gösterdi (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Bu nedenle, Sansure Biotech, CRS ile uyumlu bir şekilde en iyi performansı gösterdi (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testinin pozitiflik oranı CRS'ye göre daha düşüktü (p < 0,05).PPA, NPA ve genel anlaşmanın Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analizi, 0,925'lik Cohen Kappa anlaşma gücü değeriyle %93,5'i aştı. Son olarak, Sansure Biotech Assay'in (RUO) Etiyopya'da kullanım için daha fazla doğrulamaya ihtiyacı vardır ve bireysel üreticilerin iddialarını değerlendirmek için ek araştırmalar dikkate alınmalıdır.
Karşılaştırmalı çalışma tasarımı Addis Ababa, Eka Kotebe Hastanesi, Millennium Church Tedavi Merkezi, Zewooditu Memorial Hastanesi ve St. Peter Tüberküloz Uzman Hastanesi'ndeki dört sağlık tesisinde gerçekleştirildi. Veriler 1-31 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında toplandı. Bu çalışma için tıbbi tesisler, vaka sayılarının yüksek olması ve şehirdeki büyük tedavi merkezlerinin mevcudiyeti dikkate alınarak bilinçli olarak seçilmiştir. Benzer şekilde, ABI 7500 ve Abbott m2000 gerçek zamanlı PCR cihazlarını da içeren cihazlar, NAAT reaktif üreticilerinin tavsiyelerine göre seçildi ve bu çalışma için dört PCR tespit kiti seçildi; Etiyopya'daki çoğu laboratuvar en az en az dört tanesi. Çalışma sırasında yapılan gen testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi).
SARS-CoV-2 testleri, EPHI olarak anılan COVID-19 için araştırılan kişilerden alınan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çin) kullanılarak 1 ila 30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında gerçekleştirildi. Nazofarenks örnekleri eğitimli örnek toplayıcılar tarafından toplandı ve üçlü paketler halinde EPHI'ye gönderildi. Nükleik asit izolasyonundan önce her numuneye benzersiz bir kimlik numarası atanır. Manuel ve otomatik ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak her numuneden numune alınır alınmaz ekstraksiyon gerçekleştirilir. Böylece Abbott m2000'in otomatik ekstraksiyonu için her numuneden 1,3 ml (0,8 ml ölü hacim ve 0,5 ml ekstraksiyon giriş hacmi dahil) numune ekstrakte edildi ve Abbott DNA Numune Hazırlama Sisteminden (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ABD). ) Gerçek zamanlı olarak iki SARS-CoV-2 (EUA) turunun genel sürecine (geri alma ve tespit) 96 kişilik bir grup [92 örnek, iki tespit kontrolü ve iki şablon olmayan kontrol (NTC)] dahil edildi. madencilik. Benzer şekilde, manuel ekstraksiyon için aynı örnekleri kullanın (otomatik ekstraksiyon ve keşif için). Böylece, işlem boyunca 140 ul numuneler bölüntülendi ve QIAamp Viral RNA Mini Kiti (QIAGEN GmbH, Hilden, Almanya) kullanılarak dokuz tur boyunca 24'lü gruplar halinde (20 numune, iki tahlil kontrolü ve iki NTC dahil) ekstre edildi. Manuel olarak ekstrakte edilen eluatlar, SARS-CoV-2 BGI testi, Daan Gene testi ve Sansure Biotech testi kullanılarak bir ABI 7500 termal döngüleyici kullanılarak çoğaltıldı ve tespit edildi.
SARS-CoV-2 viral RNA'nın otomatik izolasyonu ve saflaştırılması, Abbott DNA numune hazırlama reaktifleri kullanılarak manyetik boncuk prensibini takip eder. Numunelerin etkisizleştirilmesi ve viral parçacıkların çözündürülmesi, proteini denatüre etmek ve RNazı etkisiz hale getirmek için guanidin izotiyosiyanat içeren bir deterjan kullanılarak gerçekleştirilir. Daha sonra RNA, silika kullanılarak katı faz ayrımı yoluyla proteinden ayrılır, yani guanidinyum tuzu ve lizis tamponunun alkalin pH'ı, nükleik asitlerin silikaya (Si02) bağlanmasını destekler. Durulama adımı, berrak bir çözelti üretmek için kalan proteinleri ve kalıntıları giderir. Şeffaf RNA, cihazın manyetik alanı20,21kullanılarak silika bazlı mikropartiküllerden izole edilir. Öte yandan, RNA'nın manuel izolasyonu ve saflaştırılması, manyetik bir stand yerine santrifüjleme ve mikropartiküllerin elüentten ayrılması kullanılarak döndürme kolonu yöntemiyle gerçekleştirilir.
Abbott Gerçek Zamanlı SARS-CoV-2 Tespit Testi (Abbott Molecular, Inc.), WHO ve FDA'dan EUA19,22 alan üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi. Bu protokolde ekstraksiyondan önce numunenin etkisizleştirilmesi 56 °C'deki su banyosunda 30 dakika süreyle gerçekleştirildi. Virüs inaktivasyonundan sonra, bir Abbott m2000 DNA örneği hazırlama sistemi kullanılarak 0,5 ml VTM'den bir Abbott m2000 SP cihazı üzerinde nükleik asit ekstraksiyonu gerçekleştirildi. üreticiye göre. Amplifikasyon ve tespit, bir Abbott m2000 RT-PCR cihazı kullanılarak yapıldı ve RdRp ve N genleri için ikili tespit yapıldı. ROX) ve VIC P (tescilli boya), dahili kontrollerin hedeflenmesi ve tespiti için, her iki amplifikasyon ürününün eşzamanlı tespitine olanak sağlar 19.
Bu kitin amplifikasyon tespit yöntemi tek adımlı RT-PCR teknolojisine dayanmaktadır. ORF1a/b ve N genleri, hedef bölge amplifikasyonunu tespit etmek için Daan Gen Teknolojisi tarafından korunmuş bölgeler olarak seçildi. Spesifik primerler ve floresan problar (FAM ile etiketlenmiş N gen probları, VIC ile etiketlenmiş ORF1a/b probları) numunelerde SARS-CoV-2 RNA'sını tespit etmek için tasarlanmıştır. Nihai eluent ve ana karışımlar, 25 ul nihai hacme kadar 20 ul ana karışıma 5 ul eluent ilave edilerek hazırlandı. Amplifikasyon ve tespit, bir ABI 750024 gerçek zamanlı PCR cihazında eş zamanlı olarak gerçekleştirildi.
ORF1a/b ve N genleri, Sansure Biotech nCoV-2019 Nükleik Asit Teşhis Kiti (floresan PCR tespiti) kullanılarak tespit edildi. ORF1a/b bölgesi için FAM kanalını ve N geni için ROX kanalını seçerek her hedef gen için spesifik problar hazırlayın. Bu tahlil kitine elüent ve ana karışım reaktifleri şu şekilde eklenir: tespit/amplifikasyon için 30 µl ana karışım reaktifi ve 20 µl elüt edilmiş numune hazırlayın. Amplifikasyon/tespit için gerçek zamanlı PCR ABI 750025 kullanıldı.
SARS-CoV-2 BGI testi, COVID-19 tanısına yönelik floresan gerçek zamanlı bir rRT-PCR kitidir. Hedef bölge, tek gen tespit yöntemi olan SARS-CoV-2 genomunun ORF1a/b bölgesinde yer alıyor. Ek olarak, insan temizlik geni β-aktin dahili olarak düzenlenen bir hedef gendir. Ana karışım, 20 µl ana karışım reaktifi ve 10 µl ekstrakte edilmiş RNA numunesinin kuyucuklu bir plaka26 içinde karıştırılmasıyla hazırlanır. Amplifikasyon ve tespit için bir ABI 7500 floresan kantitatif gerçek zamanlı PCR cihazı kullanıldı. Her tahlil için tüm nükleik asit amplifikasyonu, PCR çalışma koşulları ve sonuçların yorumlanması, ilgili üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi (Tablo 3).
Bu karşılaştırmalı analizde, dört analiz için uyum yüzdesini (pozitif, negatif ve genel) ve diğer karşılaştırma parametrelerini belirlemek için referans standart yöntemini kullanmadık. Her test karşılaştırması CRS ile yapıldı, bu çalışmada CRS “herhangi bir pozitif” kuralına göre ayarlandı ve sonuç belirlendi, tek bir testle değil, en az iki eşleşen test sonucu kullandık. Ayrıca COVİD-19 bulaşması durumunda yanlış negatif sonuçlar, yanlış pozitif sonuçlardan daha tehlikelidir. Bu nedenle, bir CRS sonucundan mümkün olduğunca doğru bir şekilde "pozitif" demek için en az iki test testinin pozitif olması gerekir; bu, EUA testinden en az bir pozitif sonucun gelme ihtimalinin yüksek olduğu anlamına gelir. Dolayısıyla dört test sonucundan aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu gerçek pozitif veya negatif olarak kabul edilir18,27.
Veriler yapılandırılmış veri çıkarma formları kullanılarak toplandı, veri girişi ve analizler Excel istatistik yazılımı ve tanımlayıcı istatistikler için SPSS 23.0 sürümü kullanılarak yapıldı. Pozitif, negatif ve genel yüzdelik uyum analiz edildi ve her yöntemin CRS ile uyum derecesini belirlemek için bir Kappa puanı kullanıldı. Kappa değerleri şu şekilde yorumlanır: 0,01-0,20 arası hafif uyum, 0,21-0,40 arası genel uyum, 0,41-0,60 arası orta düzeyde uyum, 0,61-0,80 arası büyük uyum ve 0,81-0,99 arası tam uyum28.
Addis Ababa Üniversitesi'nden etik izin alındı ​​ve bu çalışmaya yönelik tüm deney protokolleri, Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nün Bilimsel Etik İnceleme Kurulu tarafından onaylandı. EPHI Etik Lisansının referans numarası EPHI/IRB-279-2020'dir. Tüm yöntemler, Etiyopya Ulusal Kapsamlı Tedavi Kılavuzlarının tavsiyelerine ve hükümlerine uygun olarak uygulanmıştır. Ayrıca çalışmaya katılmadan önce tüm çalışma katılımcılarından yazılı bilgilendirilmiş onam alındı.
Bu çalışmada elde edilen veya analiz edilen tüm veriler yayınlanan bu makalede yer almaktadır. Bu çalışmanın sonuçlarını destekleyen veriler, makul talep üzerine ilgili yazardan temin edilebilir.
Dünya Sağlık Örgütü. COVID-19 için Laboratuvar Test Stratejilerine İlişkin Öneriler: Geçici Kılavuz, 21 Mart 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 akıllı teşhisi: Uygulamada Hepsi Bir Arada. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 akıllı teşhisi: Uygulamada Hepsi Bir Arada.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ve Gurgulianis, KI Acil serviste COVID-19'un akıllı tanısı: pratikteki her şey.Muliou DS, Pantazopoulos I. ve Gurgulyanis KI Acil servislerde COVID-19'un akıllı tanısı: uygulamada uçtan uca entegrasyon. Uzman Muhterem Respire. ilaç. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL ve St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi. Mitchell, SL ve St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell, SL ve St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell SL ve St. George K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi. J. Klinik. Virüs. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
DSÖ. Şüpheli insan hastalığında koronavirüs hastalığı 2019'un (COVID-19) laboratuvar tespiti. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (15 Ağustos 2020'de erişildi) (WHO, 2020).
Udugama, B. ve diğerleri. COVID-19 Teşhisi: Hastalıklar ve Test Araçları. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. ve ark. Doğu, Orta ve Güney Afrika Patologlar Koleji'nin kurulması - Orta Doğu ve Güney Afrika Bölgesel Patoloji Okulu. Afrika. J. Lab. ilaç. 9(1), 1-8 (2020).
Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü, Federal Sağlık Bakanlığı. COVİD-19'un Laboratuvar Tanısına İlişkin Geçici Ulusal Strateji ve Rehberlik. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (12 Ağustos 2020'de erişildi) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyonu zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyonu zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS SARS-CoV-2 enfeksiyonları ve sonuçları için yanlış negatif testler.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS Provokasyon ve SARS-CoV-2 enfeksiyonunun etkisi için yanlış negatif testler. N.eng. J. Tıp. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunumun önlenmesi ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha ileri bakış açıları. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunumun önlenmesi ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha ileri bakış açıları. Mouliou, DS ve Gourgoulianis, KI Ложноположительные ve ложноотрицательные случаи COVID-19: Solunum Prosesi ve Stratejileri лечения, вакцинация ve дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: solunumu önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye giden yol.Muliu, DS ve Gurgulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVİD-19 vakaları: solunumu önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye yönelik yol. Uzman Muhterem Respire. ilaç. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 tanısı: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 tanısı: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek.Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Acil Serviste COVID-19 Teşhisi: Ağacı Gör, Ormanı Kaybet.Muliou DS, Ioannis P. ve Konstantinos G. Acil Servislerde COVID-19 Teşhisi: Ağaçlar İçin Yeterli Orman Yok. Belli olmak. ilaç. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ve diğerleri. Abbott RealTime SARS-CoV-2 Testinin Analitik ve Klinik Performansının Doğrulanması ve Doğrulanması. J. Klinik. Virüs. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Geleneksel RT-PCR ile virüs enfeksiyonunun tespiti için COVID-19'un farklı genom bölgesinden beş primer setinin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Virüs enfeksiyonunun geleneksel RT-PCR ile tespiti için COVID-19'un farklı genom bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatunyan, B. Viral enfeksiyonun geleneksel RT-PCR ile tespiti için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B.比较来自COVID-19 RT-PCR için bir yöntem daha var. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Viral enfeksiyonun geleneksel RT-PCR ile tespiti için COVID-19'un 5 farklı genetik bölgesinin karşılaştırılması.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ve Aflatunyan B. Viral enfeksiyonun geleneksel RT-PCR ile tespiti için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması.İran. J. Mikrobiyoloji. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. ve ark. SARS-CoV-2 genom dizilerinin tespiti için ulusal dış kalite değerlendirme programının ön sonuçları. J. Klinik. Virüs. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ve diğerleri. Şiddetli Akut Solunum Sendromu Coronavirüs 2 için Beş RT-PCR Kitinin Etkinliğinin Analitik Değerlendirilmesi. J. Clinical. laboratuvar. anüs. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. ve ark. Çin'de ticari olarak temin edilebilen yedi SARS-CoV-2 RNA tespit kitinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayalı olarak değerlendirilmesi. klinik. Kimyasal. laboratuvar. ilaç. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ve ark. Yedi ticari RT-PCR COVID-19 teşhis kitinin karşılaştırılması. J. Klinik. Virüs. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu ve diğerleri. SARS-CoV-2 nükleik asitlerinin tespiti için iki PCR kitinin teşhis performansının karşılaştırılması. J. Klinik. laboratuvar. anüs. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, vb. Dört SARS-CoV-2 nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) platformu üzerinde yapılan karşılaştırmalı bir çalışma, ID NOW performansının hastaya ve numune türüne bağlı olarak önemli ölçüde bozulduğunu gösterdi. tanı. mikrobiyoloji. Bulaştırmak. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbot molekülü. Abbott gerçek zamanlı SARS-CoV-2 analiz prospektüsü. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (10 Ağustos 2020 itibarıyla) (2020).
Klein, S. ve ark. RT-qPCR ve RT-LAMP ile hızlı büyük ölçekli tespit için manyetik boncuklar kullanan SARS-CoV-2 RNA izolasyonu. Virüs 12(8), 863 (2020).