Etiyopya'da SARS-CoV-2'yi tanımlamak için dört nükleik asit amplifikasyon testinin performansı

Nature.com'u ziyaret ettiğiniz için teşekkür ederiz.Sınırlı CSS desteğine sahip bir tarayıcı sürümü kullanıyorsunuz.En iyi deneyim için güncellenmiş bir tarayıcı kullanmanızı (veya Internet Explorer'da Uyumluluk Modunu devre dışı bırakmanızı) öneririz.Ayrıca, sürekli destek sağlamak için siteyi stiller ve JavaScript olmadan gösteriyoruz.
Aynı anda üç slayttan oluşan bir döngü görüntüler.Üç slaytta aynı anda ilerlemek için Önceki ve Sonraki düğmelerini kullanın veya aynı anda üç slaytta ilerlemek için sondaki kaydırma düğmelerini kullanın.
2019 koronavirüs hastalığı (COVID-19) salgınından bu yana, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirildi ve standart testler haline geldi.Birkaç test hızlı bir şekilde geliştirilmiş ve laboratuvar tanı testlerine uygulanmış olsa da, bu testlerin performansı çeşitli ortamlarda değerlendirilmemiştir.Bu nedenle bu çalışma Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI ve Sansure Biotech testlerinin performansını Kompozit Referans Standardı (CRS) kullanarak değerlendirmeyi amaçladı.Çalışma, Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsünde (EPHI) 1 - 30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında gerçekleştirildi. 164 nazofaringeal numune, QIAamp RNA mini kiti ve Abbott DNA numune hazırlama sistemi kullanılarak çıkarıldı.164 örneğin %59,1'i pozitif ve %40,9'u KRS için negatifti. Sansure Biotech pozitifliği, KRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0.05). Sansure Biotech pozitifliği, KRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0.05). Sansure Biotech, CRS'ye zarar vermemek için en yüksek güvenlik önlemlerini almıştır (p < 0,05). Sansure Biotech'in pozitif sonuçları, CRS'ye kıyasla anlamlı derecede düşüktü (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech, CRS'ye zarar vermemek için en iyi teknolojidir (p < 0,05). Sansure Biotech, CRS'ye kıyasla önemli ölçüde daha az pozitif sonuç elde etti (p < 0.05).CRS'ye kıyasla dört analizin genel uyumu %96,3-100'dü.Sansure Biotech testinin düşük pozitiflik oranına ek olarak, dört testin performansı neredeyse karşılaştırılabilirdi.Bu nedenle Sansure Biotech [Yalnızca Araştırma (RUO)] testi, Etiyopya'da kullanımı için ek doğrulama gerektirir.Son olarak, tahlilleri uygun üreticinin iddialarıyla değerlendirmek için ek araştırmalar düşünülmelidir.
Laboratuvar testleri, Dünya Sağlık Örgütü'nün (WHO) Koronavirüs Hastalığı 2019 (COVID-19) Hazırlık ve Müdahale Stratejik Planı'nın (SPRP) bir parçasıdır.DSÖ, ülkelerin halk sağlığı sorunlarına hazırlıklı olma, uygun vaka yönetimi, uyanıklık ve hızlı yanıt verme becerilerini geliştirmek için laboratuvar kapasitesi oluşturmaları gerektiğini tavsiye etmektedir.Bu, laboratuvarın rolünün, ortaya çıkan enfeksiyöz ajanların hastalık ve epidemiyolojisini karakterize etmede ve yayılmalarını kontrol etmede anahtar olduğunu düşündürmektedir.
COVID-19'un teşhisi, epidemiyolojik ve tıbbi bilgiler, kişisel semptomlar/belirtiler ve radyografik ve laboratuvar verileri2 gerektirir.Çin'in Wuhan kentinde COVID-19 salgını bildirildiğinden beri, dünya çapında birçok ticari nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) geliştirilmiştir.Gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR), şiddetli akut solunum sendromu 2 (SARS-CoV-2)3 enfeksiyonunun laboratuvar tanısında rutin ve standart bir yöntem olarak kullanılmıştır.SARS-CoV-2'nin moleküler tespiti tipik olarak ORF1a/b'deki (açık okuma çerçevesi 1a/b) N (nükleokapsid protein geni), E (zarf protein geni) ve RdRp (RNA'ya bağımlı RNA polimeraz geni) genlerine dayanır. .gen) bölgesi viral genomdan tanımlanmıştır.Virüs tanıma4 için viral genomlarda bulunan ana korunmuş bölgeler olarak kabul edilirler.Bu genler arasında RdRp ve E genleri yüksek analitik saptama duyarlılığına sahipken, N geni düşük analitik duyarlılığa sahiptir5.
PCR testlerinin performansı, ekstraksiyon reaktifleri, amplifikasyon/tespit reaktifleri, ekstraksiyon yöntemi, PCR makinesinin kalitesi ve diğer cihazlar gibi çeşitli faktörlere bağlı olarak değişebilir.Nisan 2020 itibariyle, dokuz ülkeden 48'den fazla farklı teşhis cihazı, COVID-196 teşhisi için Acil Kullanım İzni (EUA) almıştır.Etiyopya'da ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ve Quant-studio7 dahil olmak üzere 26 kamu sağlık kurumunda SARS-CoV-2'nin PCR tespiti için 14'ten fazla gerçek zamanlı PCR platformu kullanılıyor.Ayrıca Daan Gene testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi gibi çeşitli PCR test kitleri mevcuttur.rRT-PCR oldukça hassas olmasına rağmen, COVID-19'lu bazı hastalar, yanlış toplama, taşıma, saklama ve işleme ve laboratuvar testleri nedeniyle numunelerdeki viral ribonükleik asit (RNA) kopyalarının yetersiz olması nedeniyle yanlış negatif sonuçlar bildirir.personelin durumu ve eylemleri8.Ek olarak, numune veya kontrolün hatalı kullanımı, döngü eşiği (Ct) ayarı ve diğer patojenik nükleik asitler veya inaktif/kalıntı SARS-CoV-2 RNA ile çapraz reaktivite, rRT-PCR9 testlerinde yanlış pozitif sonuçlara yol açabilir.Bu nedenle, PCR testlerinin gerçekten aktif viral genleri ayırt edemediklerinden, gen fragmanlarının taşıyıcılarını gerçekten tanımlayabildiği açıktır, bu nedenle testler hastaları değil, yalnızca taşıyıcıları belirleyebilir10.Bu nedenle, ortamımızdaki standart yöntemleri kullanarak teşhis performansını değerlendirmek önemlidir.Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü'nde (EPHI) ve ülke genelinde birçok NAAT reaktifi bulunmasına rağmen, etkinliklerinin karşılaştırmalı bir değerlendirmesi henüz rapor edilmemiştir.Bu nedenle bu çalışma, klinik numuneler kullanılarak rRT-PCR ile SARS-CoV-2'nin saptanmasına yönelik ticari olarak temin edilebilen kitlerin karşılaştırmalı performansını değerlendirmeyi amaçladı.
Bu çalışmaya COVID-19 şüphesi olan toplam 164 katılımcı dahil edildi.Örneklerin çoğunluğu tedavi merkezlerinden (118/164 = %72), geri kalan 46 (%28) katılımcı ise tedavi dışı merkezlerdendi.Merkezde tedavi görmeyen katılımcıların 15'inde (%9,1) klinik olarak şüpheli vakalar ve 31'inde (%18,9) doğrulanmış vakalarla temaslılar vardı.Doksan üç (%56,7) katılımcı erkekti ve katılımcıların yaş ortalaması (± SS) 31,10 (± 11,82) idi.
Bu çalışmada COVID-19 için dört testin pozitif ve negatif oranları belirlendi.Böylece Abbott SARS-CoV-2 testi, Daan Gene 2019-nCoV testi, SARS-CoV-2 BGI testi ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin pozitif oranları sırasıyla %59,1, %58,5, %57,9 ve %55,5 oldu. .Pozitif ve negatif bileşik referans standardı (CRS) puanları sırasıyla 97 (%59,1) ve 67 (%40,9) idi (Tablo 1).Bu çalışmada, KRS'nin tanımı “herhangi bir pozitif” kuralına dayandırılmış olup, dört test sonucundan aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu gerçek pozitif veya negatif olarak kabul edilmiştir.
Bu çalışmada, CRS'ye kıyasla tüm analizler için %100'lük (%95 GA 94,6–100) bir negatif yüzde anlaşması (NPA) bulduk.Sansure Biotechnology analizi %93,8'lik minimum bir PPA (%95 CI 87,2-97,1) gösterdi ve Daan Gene 2019-nCoV analizi, %99,4'lük (%95 CI 96,6-99,9) genel bir anlaşmaya sahipti.Buna karşılık, SARS-CoV-2 BGI testi ile Sansure Biotech 2019-nCoV testi arasındaki genel uyum sırasıyla %98,8 ve %96,3 idi (Tablo 2).
Cohen'in CRS ve Abbott SARS-CoV-2 tahlil sonuçları arasındaki kappa uyum katsayısı tamamen tutarlıydı (K = 1.00).Benzer şekilde Cohen'in Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ve Sansure Biotech 2019-nCoV tarafından tespit edilen kappa değerleri de CRS (K ≥ 0,925) ile tamamen uyumludur.Bu karşılaştırmalı analizde ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech 2019-nCoV tahlil sonuçlarının CRS sonuçlarından önemli ölçüde farklı olduğunu gösterdi (p = 0,031) (Tablo 2).
Şekil l'de gösterildiği gibi1 Abbott SARS-CoV-2 testinin (RdRp ve N geninin birleşimi) en düşük Ct değerinin yüzdesi (< 20 Ct) %87,6 ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geninin Ct değeri, düşük yüzdesinin olduğunu gösterdi. Ct değeri (< 20 Ct) %50,3 ve yüksek Ct değeri (36-40 Ct) %3,2 idi. 1 Abbott SARS-CoV-2 testinin (RdRp ve N geninin birleşimi) en düşük Ct değerinin yüzdesi (< 20 Ct) %87,6 ve Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geninin Ct değeri, düşük yüzdesinin olduğunu gösterdi. Ct değeri (< 20 Ct) %50,3 ve yüksek Ct değeri (36-40 Ct) %3,2 idi.Şekil l'de gösterildiği gibi1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) %50,3 ve daha düşük Ct (36–40 Ct) %3,2. 1, Abbott SARS-CoV-2 (birleşik gen RdRp ve N) analizinin en düşük Ct değeri (< 20 Ct) yüzdesi %87,6 idi ve Sansure Biotech 2019-nCoV'nin ORF1a/b gen analizinin Ct değeri gösterdi düşük Ct değerinin (< 20 Ct) yüzdesinin %50,3, yüksek Ct değerinin (36-40 Ct) ise %3,2 olduğu görüldü.如 图 1 所 示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 结合 结合 结合 低 低 低 低 低 低 低 为 为 为 为 为 为 为 87.6%， 百分比 （<20 ct）值(< 20 Ct) 的百分比为%50.3，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为%3.2。 Şekil 1'de gösterildiği gibi Abbott SARS-CoV-2 testinin (RdRp ve N geni kombinasyonu) en düşük Ct değeri yüzdesi (< 20 Ct) %87,6, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geni Ct değeri düşük Ct gösterir(< 20 Ct) 的 yüzdesi %50,3, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 yüzdesi ise %3,2'dir. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Şekil 1'de gösterildiği gibi, Abbott SARS-CoV-2 testi (RdRp ve N genlerini birleştiren) %87,6 ile en düşük yüzde Ct değerine (< 20 Ct) sahipken, Sansure'deki ORF1a/b geninin Ct değeri Biotech 2019 çalışması – nCoV analizi düşük bir Ct gösterdi. Azami (< 20 Ct) %50,3, ve en düşük Ct (36–40 Ct) %3,2. (< 20 Ct) değerlerinin yüzdesi %50,3, yüksek Ct değerlerinin (36-40 Ct) yüzdesi ise %3,2 idi.Abbott SARS-CoV-2 B testi, 30'un üzerinde Ct değerleri kaydetti. Öte yandan, BGI SARS-CoV-2 testinde ORF1a/b geninin Ct değeri yüksek (> 36 Ct) yüzdesi %4 idi (Şekil 1). Öte yandan, BGI SARS-CoV-2 testinde ORF1a/b geninin Ct değeri yüksek (> 36 Ct) yüzdesi %4 idi (Şekil 1). BGI SARS-CoV-2'de ORF1a/b'ye göre en düşük Ct (> 36 Ct) seviyesinde, %4'lük bir azalmaya neden oldu (resim 1). Öte yandan, BGI SARS-CoV-2 geninin analizinde ORF1a/b yüksek bir Ct değerine (> 36 Ct) sahipti ve yüzdesi %4 idi (Şekil 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 BGI SARS-CoV-2 tespitinde ise Ct değeri yüksek (>36 Ct) ORF1a/b geni yüzdesi %4'tür (Şekil 1). Bugün, BGI SARS-CoV-2'nin geliştirdiği ORF1a/b, Ct'yi (>36 Ct) %4 (sayfa 1) olarak belirledi. Öte yandan BGI SARS-CoV-2 analizinde yüksek Ct değerlerine (>36 Ct) sahip ORF1a/b genlerinin yüzdesi %4 oldu (Şekil 1).
Bu çalışmada 164 nazofaringeal örnek aldık.Tüm tahlil türleri için, ilgili üreticiler tarafından önerilen yöntemler ve kitler kullanılarak RNA izolasyonu ve amplifikasyonu gerçekleştirildi.
Bu çalışma, Abbott'ın SARS-CoV-2 testinin, %100 pozitif, negatif ve genel uyumlulukla CRS ile aynı saptama performansına sahip olduğunu gösterdi.Cohen'in kappa anlaşması 1.00'dir ve CRS ile tam anlaşmayı gösterir.ABD'deki Washington Üniversitesi tarafından yapılan benzer bir çalışma, Abbott testinin SARS-CoV-2 için genel duyarlılığının ve özgüllüğünün, CDC'nin laboratuvar tarafından belirlenen tahliline (LDA) kıyasla sırasıyla %93 ve %100 olduğunu buldu. .11. Abbott SARS-CoV-2 tespit sistemi, N ve RdRp genlerinin eşzamanlı kombine tespitine dayanır, çünkü her iki gen de daha hassastır ve yanlış negatifleri en aza indirir12.Viyana, Avusturya'da yapılan bir araştırma da büyük ekstraksiyon numunesi hacimlerinin ve tespit eluent hacimlerinin seyreltme etkilerini en aza indirdiğini ve tespit verimliliğini arttırdığını gösterdi13.Bu nedenle, Abbott'ın SARS-CoV-2 testi için mükemmel eşleşmesi, kombinatoryal genleri aynı anda saptayan, çok sayıda örneği (0,5 ml) çıkaran ve büyük miktarda elüent (40 µl) kullanan bir platform tespit sistemi ile ilişkilendirilebilir.
Sonuçlarımız ayrıca Daan genetik testinin tespit performansının CRS ile hemen hemen aynı olduğunu gösterdi.Bu, Çin'in Huainan kentindeki Anhui Üniversitesi'nde yürütülen bir çalışma14 ve üreticinin %100 olumlu anlaşma iddiasıyla tutarlıdır.Tutarlı sonuçlara ilişkin raporlara rağmen, aynı elüat yeniden test edildikten sonra bir örnek yanlış negatif çıktı, ancak Abbott SARS-CoV-2 ve Sansure Biotech nCoV-2019 testlerinde pozitif çıktı.Bu, farklı tahlil türleri arasında sonuçlarda değişkenlik olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, Çin'de15 yürütülen çalışmada Daan Gene testinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05). Bununla birlikte, Çin'de15 yürütülen çalışmada Daan Gene testinin sonucu, laboratuvar tanımlı referans testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Ancak, Çin'de15 yapılan bir çalışmada Daan Gene'nin analiz sonucu, laboratuvar referans analizlerinden önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显相5p0差弉<0.0差 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Ancak, Çin'de15 yapılan bir çalışmada, Daan'ın genetik testinin sonuçları, referans laboratuvar testiyle karşılaştırıldığında önemli ölçüde farklıydı (p < 0,05).Bu tutarsızlık, referans testin SARS-CoV-2'yi tespit etme hassasiyetinden kaynaklanıyor olabilir ve nedeni belirlemek için ileri çalışmalar önemli olabilir.
Ek olarak, çalışmamız SARS-CoV-2 BGI testinin CRS ile karşılaştırmalı performansını değerlendirerek cinsiyete göre mükemmel pozitif yüzde uyumu (PPA = %97,9), negatif yüzde uyumu (NPA = %100) ve genel yüzde uyumu gösterdi ( OPA).).= %98,8).Cohen'in Kappa değerleri iyi bir uyum gösterdi (K=0.975).Hollanda16 ve Çin15'teki araştırmalar tutarlı sonuçlar göstermiştir.SARS-CoV-2 BGI testi, 10 µl amplifikasyon/tespit elüatı kullanan tek bir gen (ORF1a/b) tespit testidir.Referans sonuçlarımızla iyi bir istatistiksel anlaşmaya rağmen, analiz toplam örneğin iki pozitif örneğini (%1,22) kaçırdı.Bunun hem hasta hem de topluluk düzeyinde bulaşma dinamikleri için çok büyük klinik etkileri olabilir.
Bu çalışmaya dahil edilen diğer bir karşılaştırmalı analiz, Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) testiydi;genel maç yüzdesi %96,3 idi.Anlaşmanın gücü, CRS ile tam anlaşmayı gösteren 0.925 olan Cohen's Kappa değeri ile de belirlendi.Yine, sonuçlarımız Çin'in Changsha kentindeki Central South Üniversitesi'nde ve Liuzhou Şehri, Çin'deki Liuzhou Halk Hastanesi Klinik Laboratuvar Departmanında yürütülen çalışmalarla aynıdır17. Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmesine rağmen, ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu göstermiştir (p < 0,005). Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmesine rağmen, ki-kare testi (MacNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu göstermiştir (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Yukarıdaki iyi istatistiksel uyum kaydedilmesine rağmen, ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech testinin sonucunun CRS'ye kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farka sahip olduğunu gösterdi (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 的 统计 一致性 ， 但 检验 （（（（（（（检验 检验 ， ， ， ， ， ， ， ， ， ， ， ， 具有 具有 统计学 统计学 显着 显着 差异 （p <0.005）。 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学 统计学尽管 记录 了 上述 统计 一致 性 ， 但 （（（（（（（（（（， sansure biyoteknoloji 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Yukarıda belirtilen iyi istatistiksel anlaşmaya rağmen, ki-kare testi (McNemar testi), Sansure Biotech testi ve CRS arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark (p < 0,005) gösterdi.Altı örneğin (%3,66) CRS'ye kıyasla yanlış negatif olduğu bulundu (Ek Tablo 1);Bu, özellikle virüsün bulaşma dinamikleri göz önüne alındığında çok önemlidir.Yukarıdaki veriler de bu düşük algılama oranını15 destekler.
Bu çalışmada, Abbott SARS-CoV-2 testinde bildirilen en düşük ortalama Ct değeri ile her test ve ilgili platform için Ct değerleri belirlendi.Bu sonuç, Abbott'ın SARS-CoV-2'nin tespiti için eş zamanlı kombine genetik test sistemiyle ilgili olabilir.Bu nedenle Şekil 1'e göre Abbott SARS-CoV-2 sonuçlarının %87,6'sında Ct değerleri 20'nin altındaydı. Sadece az sayıda numune sonucu (%12,4) 20-30 aralığındaydı.30'un üzerindeki Ct değerleri kaydedilmedi.Abbott'ın SARS-CoV-2 panel genetik test formatını kullanmasına ek olarak, bu sonuç, şirketin alt limiti olan 100 RNA kopyasından üç kat daha düşük olan alt tespit limiti (32,5 RNA kopyası/mL)18 ile ilgili olabilir. /mL.ml)19.
Bu çalışmanın bazı sınırlamaları vardır: Birincisi, kaynak yetersizliğinden dolayı standart/referans yöntemlerimiz [viral yük veya diğer laboratuvar testleri (LDA) gibi] yoktur.İkincisi, bu çalışmada kullanılan tüm örnekler nazofaringeal sürüntülerdi, sonuçlar diğer örnek türleri için geçerli değildi ve üçüncüsü, örnek boyutumuz küçüktü.
Bu çalışma, nazofaringeal örnekler kullanılarak SARS-CoV-2 için dört rRT-PCR testinin performansını karşılaştırdı.Sansure Biotech testi dışında tüm tespit testleri neredeyse karşılaştırılabilir performansa sahipti. Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye kıyasla düşük pozitiflik oranı tespit edildi (p < 0.05). Ayrıca Sansure Biotech testinde CRS'ye kıyasla düşük pozitiflik oranı tespit edildi (p < 0.05). Sansure Biotech'in CRS'yi koruma altına almak için kullandığı en iyi yöntem Sansure Biotech'tir (p < 0,05). Ayrıca Sansure Biotech testi, CRS'ye kıyasla düşük bir pozitif sonuç yüzdesi gösterdi (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Sansure Biotech, Sansure Biotech'in CRS'ye zarar vermemek için yeterli olduğunu kanıtladı (p < 0,05). Ayrıca, Sansure Biotech testinin pozitiflik oranı CRS'ye kıyasla daha düşüktü (p < 0.05).PPA, NPA ve genel anlaşmanın Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analizi, 0,925 Cohen Kappa anlaşma gücü değeriyle %93,5'i aştı.Son olarak, Sansure Biotech Assay'in (RUO) Etiyopya'da kullanım için daha fazla doğrulamaya ihtiyacı vardır ve bireysel üreticilerin iddialarını değerlendirmek için ek araştırmalar düşünülmelidir.
Karşılaştırmalı çalışma tasarımı, Addis Ababa, Eka Kotebe Hastanesi, Millennium Church Tedavi Merkezi, Zewooditu Memorial Hastanesi ve St. Peter Tüberküloz İhtisas Hastanesi'ndeki dört sağlık tesisinde yürütüldü.Veriler 1-31 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında toplandı. Bu çalışma için tıbbi tesisler, yüksek vaka sayılarına ve şehirdeki büyük tedavi merkezlerinin mevcudiyetine göre bilinçli olarak seçildi.Benzer şekilde, ABI 7500 ve Abbott m2000 gerçek zamanlı PCR cihazları da dahil olmak üzere cihazlar, NAAT reaktif üreticilerinin tavsiyelerine göre seçildi ve Etiyopya'daki çoğu laboratuvar en az en az onların dördü.Çalışma sırasında yapılan gen testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi ve SARS-CoV-2 BGI testi).
SARS-CoV-2 testi, 1 - 30 Aralık 2020 tarihleri ​​arasında, EPHI'ye atıfta bulunulan COVID-19 için soruşturma altındaki kişilerden alınan 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çin) kullanılarak gerçekleştirilmiştir.Nazofarengeal numuneler, eğitimli numune toplayıcılar tarafından toplandı ve üçlü paketler halinde EPHI'ye gönderildi.Nükleik asit izolasyonundan önce, her numuneye benzersiz bir tanımlama numarası atanır.Ekstraksiyon, manuel ve otomatik ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak her numuneden varışta hemen gerçekleştirilir.Bu nedenle, Abbott m2000'in otomatik ekstraksiyonu için, her numuneden 1,3 ml (0,8 ml ölü hacim ve 0,5 ml ekstraksiyon giriş hacmi dahil) ekstrakte edildi ve Abbott DNA Numune Hazırlama Sisteminden (Abbott Molecular Inc. des Plaines, Abbott Molecular Inc. des Plaines, İL, ABD).) Gerçek zamanlı olarak iki tur SARS-CoV-2'nin (EUA) genel sürecine (alma ve saptama) 96 örnek [92 numune, iki tespit kontrolü ve iki şablon olmayan kontrol (NTC)] dahil edildi.madencilikBenzer şekilde, manuel ekstraksiyon için aynı numuneleri kullanın (otomatik ekstraksiyon ve keşif için).Bu nedenle, işlem boyunca 140 ul numune alikotlandı ve QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Almanya) kullanılarak dokuz turda 24'lük partiler halinde (20 numune, iki tahlil kontrolü ve iki NTC dahil) ekstrakte edildi.Manuel olarak ekstrakte edilen elüatlar, SARS-CoV-2 BGI testi, Daan Gene testi ve Sansure Biotech testi kullanılarak bir ABI 7500 termal döngüleyici kullanılarak amplifiye edildi ve saptandı.
SARS-CoV-2 viral RNA'nın otomatik izolasyonu ve saflaştırılması, Abbott DNA numune hazırlama reaktifleri kullanılarak manyetik boncuk prensibini izler.Numunelerin etkisizleştirilmesi ve viral partiküllerin çözündürülmesi, proteini denatüre etmek ve RNaz'ı etkisiz hale getirmek için guanidin izotiyosiyanat içeren bir deterjan kullanılarak gerçekleştirilir.RNA daha sonra silika, yani guanidinyum tuzu ve liziz tamponunun alkalin pH'ı nükleik asitlerin silikaya (Si02) bağlanmasını destekleyen katı faz ayrımı ile proteinden ayrılır.Durulama adımı, berrak bir solüsyon üretmek için kalan proteinleri ve birikintileri giderir.Saydam RNA, aletin manyetik alanı20,21kullanılarak silika bazlı mikropartiküllerden izole edilir.Öte yandan, RNA'nın manuel izolasyonu ve saflaştırılması, manyetik bir stand yerine santrifüjleme ve mikropartiküllerin elüentten ayrılması kullanılarak spin kolon yöntemi ile gerçekleştirilir.
Abbott Gerçek Zamanlı SARS-CoV-2 Saptama Testi (Abbott Molecular, Inc.), DSÖ ve FDA'dan EUA19,22 alan üreticinin talimatlarına göre gerçekleştirildi.Bu protokolde, ekstraksiyon öncesi numune inaktivasyonu 56 °C'de 30 dakika su banyosunda gerçekleştirilmiştir.Virüs inaktivasyonundan sonra, bir Abbott m2000 DNA numune hazırlama sistemi kullanılarak bir Abbott m2000 SP aletinde 0.5 ml VTM'den nükleik asit ekstraksiyonu yapıldı.üreticiye göre.Amplifikasyon ve tespit, bir Abbott m2000 RT-PCR cihazı kullanılarak gerçekleştirildi ve RdRp ve N genleri için ikili tespit gerçekleştirildi.Dahili kontrollerin hedeflenmesi ve tespiti için ROX) ve VIC P (tescilli boya), her iki amplifikasyon ürününün 19 aynı anda tespitine izin verir.
Bu kitin amplifikasyon saptama yöntemi, tek adımlı RT-PCR teknolojisine dayanmaktadır.ORF1a/b ve N genleri, hedef bölge amplifikasyonunu saptamak için Daan Gene Technology tarafından korunmuş bölgeler olarak seçildi.Numunelerde SARS-CoV-2 RNA'yı tespit etmek için spesifik primerler ve flüoresan problar (FAM ile etiketlenmiş N geni probları, VIC ile etiketlenmiş ORF1a/b probları) tasarlanmıştır.Nihai elüent ve ana karışımlar, 20 ul ana karışıma 25 ul'lik bir nihai hacme kadar 5 ul eluent eklenerek hazırlandı.Amplifikasyon ve tespit, bir ABI 750024 gerçek zamanlı PCR cihazında eş zamanlı olarak gerçekleştirildi.
ORF1a/b ve N genleri, Sansure Biotech nCoV-2019 Nükleik Asit Teşhis Kiti (floresan PCR tespiti) kullanılarak tespit edildi.ORF1a/b bölgesi için FAM kanalını ve N geni için ROX kanalını seçerek her hedef gen için spesifik problar hazırlayın.Bu tahlil kitine, elüent ve ana karışım reaktifleri şu şekilde eklenir: tespit/amplifikasyon için 30 µl ana karışım reaktifi ve 20 µl elute edilmiş numune hazırlayın.Amplifikasyon/tespit için gerçek zamanlı PCR ABI 750025 kullanıldı.
SARS-CoV-2 BGI testi, COVID-19'un teşhisi için bir floresan gerçek zamanlı rRT-PCR kitidir.Hedef bölge, tek gen saptama yöntemi olan SARS-CoV-2 genomunun ORF1a/b bölgesinde yer almaktadır.Ek olarak, insan temizlik geni β-aktin, dahili olarak düzenlenen bir hedef gendir.Ana karışım, 20 µl ana karışım reaktifi ve 10 µl ekstrakte edilmiş RNA numunesinin bir kuyucuk plakasında26 karıştırılmasıyla hazırlanır.Amplifikasyon ve tespit için bir ABI 7500 floresan kantitatif gerçek zamanlı PCR cihazı kullanıldı.Tüm nükleik asit amplifikasyonu, her tahlil için PCR çalıştırma koşulları ve sonuçların yorumlanması, ilgili üreticinin talimatlarına göre yapıldı (Tablo 3).
Bu karşılaştırmalı analizde, dört analiz için yüzde uyumunu (pozitif, negatif ve genel) ve diğer karşılaştırma parametrelerini belirlemek için referans standart yöntemini kullanmadık.Her test karşılaştırması CRS ile yapıldı, bu çalışmada CRS “herhangi bir pozitif” kuralına göre ayarlandı ve sonuç belirlendi, tek bir testle değil, en az iki eşleşen test sonucu kullandık.Ayrıca COVID-19 bulaşması durumunda yanlış negatif sonuçlar, yanlış pozitif sonuçlara göre daha tehlikelidir.Bu nedenle, bir CRS sonucundan olabildiğince doğru bir şekilde "pozitif" diyebilmek için, en az iki tahlil testinin pozitif olması gerekir; bu, bir EUA tahlilinden en az bir pozitif sonucun gelmesinin muhtemel olduğu anlamına gelir.Böylece, dört test sonucundan aynı sonucu veren iki veya daha fazla test sonucu gerçek pozitif veya negatif olarak kabul edilir18,27.
Veriler, yapılandırılmış veri çıkarma formları kullanılarak toplandı, veri girişi ve analizi, Excel istatistik yazılımı ve tanımlayıcı istatistikler için SPSS sürüm 23.0 kullanılarak yapıldı.Pozitif, negatif ve genel uyum yüzdesi analiz edildi ve her yöntemin CRS ile uyum derecesini belirlemek için bir Kappa skoru kullanıldı.Kappa değerleri şu şekilde yorumlanır: hafif uyum için 0,01 - 0,20, genel uyum için 0,21 - 0,40, orta uyum için 0,41-0,60, büyük uyum için 0,61-0,80 ve tam uyum için 0,81-0,9928.
Addis Ababa Üniversitesi'nden etik onay alındı ​​ve bu çalışma için tüm deney protokolleri Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü Bilimsel Etik İnceleme Kurulu tarafından onaylandı.EPHI Etik Lisansı için referans numarası EPHI/IRB-279-2020'dir.Tüm yöntemler, COVID-19 Tedavisi için Etiyopya Ulusal Kapsamlı Kılavuzlarının tavsiyelerine ve hükümlerine uygun olarak uygulandı.Ayrıca, çalışmaya katılmadan önce tüm çalışma katılımcılarından yazılı bilgilendirilmiş onam alındı.
Bu çalışmada elde edilen veya analiz edilen tüm veriler yayınlanan bu makalede yer almaktadır.Bu çalışmanın sonuçlarını destekleyen veriler, makul talep üzerine ilgili yazardan temin edilebilir.
Dünya Sağlık Örgütü.COVID-19 için Laboratuvar Test Stratejileri için Öneriler: Geçici Kılavuz, 21 Mart 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 akıllı teşhisi: Hepsi Uygulamada. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Acil Serviste COVID-19 akıllı teşhisi: Hepsi Uygulamada.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ve Gurgulianis, KI Acil serviste akıllı COVID-19 teşhisi: her şey pratikte.Muliou DS, Pantazopoulos I. ve Gurgulyanis KI Acil servislerde akıllı COVID-19 teşhisi: uygulamada uçtan uca entegrasyon.Uzman Muhterem Respire.ilaç.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi. Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell, SL ve St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.Mitchell SL ve St. George K. COVID19 ID NOW EUA testinin değerlendirilmesi.J. Klinik.Virüs.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
DSÖ.Şüpheli insan hastalığında koronavirüs hastalığı 2019'un (COVID-19) laboratuvar tespiti.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (15 Ağustos 2020'de erişildi) (DSÖ, 2020).
Udugama, B. ve ark.COVID-19 Teşhis: Hastalıklar ve Test Araçları.ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. ve ark.Doğu, Orta ve Güney Afrika Patologlar Koleji'nin kurulması - Orta Doğu ve Güney Afrika Bölgesel Patoloji Okulu.Afrika.J. Lab.ilaç.9(1), 1-8 (2020).
Etiyopya Halk Sağlığı Enstitüsü, Federal Sağlık Bakanlığı.COVID-19'un Laboratuvar Teşhisi için Geçici Ulusal Strateji ve Rehberlik.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (12 Ağustos 2020'de erişildi) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyon zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 enfeksiyon zorlukları ve sonuçları için yanlış negatif testler.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS SARS-CoV-2 enfeksiyonları ve sonuçları için yanlış negatif testler.Voloshin S., Patel N. ve Kesselheim AS SARS-CoV-2 enfeksiyonunun provokasyonu ve etkisi için yanlış negatif testler.N.müh.Tıp.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunum önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha fazla perspektif. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: Solunum önleme ve yönetim stratejileri, aşılama ve daha fazla perspektif. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış pozitif ve yanlış negatif COVID-19 vakaları: solunum önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye dönük yol.Muliu, DS ve Gurgulianis, KI Yanlış-pozitif ve yanlış-negatif COVID-19 vakaları: solunum önleme ve tedavi stratejileri, aşılama ve ileriye dönük yol.Uzman Muhterem Respire.ilaç.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 teşhisi: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Acil serviste COVID-19 teşhisi: Ağacı görmek ama ormanı kaybetmek.Mouliou, DS, Ioannis, P. ve Konstantinos, G. Acil Serviste COVID-19 Teşhisi: Ağacı Gör, Ormanı Kaybet.Muliou DS, Ioannis P., ve Konstantinos G. Acil Servislerde COVID-19 Teşhisi: Ağaçlar İçin Yeterli Orman Yok.Belli olmak.ilaç.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ve ark.Abbott RealTime SARS-CoV-2 Testinin Analitik ve Klinik Performansının Doğrulanması ve Doğrulanması.J. Klinik.Virüs.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konvansiyonel RT-PCR ile virüs enfeksiyonunun tespiti için COVID-19'un farklı genom bölgesinden beş primer setinin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konvansiyonel RT-PCR ile virüs enfeksiyonunun saptanması için COVID-19'un farklı genom bölgelerinden beş primer setinin karşılaştırılması.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ve Aflatunyan, B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun saptanması için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş set primerin karşılaştırılması. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konvansiyonel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için COVID-19'un 5 farklı genetik bölgesinin karşılaştırması.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ve Aflatunyan B. Geleneksel RT-PCR ile viral enfeksiyonun tespiti için COVID-19 genomunun farklı bölgelerinden beş set primerin karşılaştırılması.İran.J. Mikrobiyoloji.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al.SARS-CoV-2 genom dizilerinin tespiti için ulusal dış kalite değerlendirme programının ön sonuçları.J. Klinik.Virüs.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. ve ark.Şiddetli Akut Solunum Sendromu Coronavirüs için Beş RT-PCR Kitinin Etkinliğinin Analitik Değerlendirmesi 2. J. Clinical.laboratuvar.anüs.35(1), e23643 (2021).
Wang B. ve ark.Çin'de piyasada bulunan yedi SARS-CoV-2 RNA saptama kitinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) dayalı olarak değerlendirilmesi.klinik.Kimyasal.laboratuvar.ilaç.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ve ark.Yedi ticari RT-PCR COVID-19 teşhis kitinin karşılaştırılması.J. Klinik.Virüs.128, 104412 (2020).
Lu, Yu ve ark.SARS-CoV-2 nükleik asitlerinin tespiti için iki PCR kitinin teşhis performansının karşılaştırılması.J. Klinik.laboratuvar.anüs.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, vb. Dört SARS-CoV-2 nükleik asit amplifikasyon testi (NAAT) platformunun karşılaştırmalı bir çalışması, ID NOW performansının hasta ve numune türüne bağlı olarak önemli ölçüde düştüğünü gösterdi.Teşhis.mikrobiyoloji.bulaştırmak.diss.99(1), 115200 (2021).
Abbott molekülü.Abbott gerçek zamanlı SARS-CoV-2 analizi prospektüsü.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(10 Ağustos 2020 itibariyle) (2020).
Klein, S. ve ark.RT-qPCR ve RT-LAMP ile hızlı büyük ölçekli tespit için manyetik boncuklar kullanılarak SARS-CoV-2 RNA izolasyonu.Virüs 12(8), 863 (2020).